至此，阿古柏已基本占有了整个南疆。这时的阿古柏，已经不再需要什么“霍加圣裔”之类的傀儡，随后布素鲁克被阿古柏一脚踢开，最后以去麦加朝觐为名，将布素鲁克赶回了浩罕，阿古柏则自称建立所谓的“洪福汗国”，开始了十多年的反动军事独裁和宗教极端统治。
  阿古柏为了稳住其反动政权，立刻和英俄两国进行勾结。当时英国和沙俄的势力已经扩张到中亚，并展开了对中国新疆的争夺。为维护自己在印度和阿富汗的既得利益，英国力图控制阿古柏政权，以抵制俄国势力的南侵。
  早在1868年，英国就已派人到了喀什噶尔，与阿古柏建立了直接联系；第二年，英国驻印度总督赠予阿古柏大批枪支弹药和修造军械的设备，并为阿古柏建立军工厂提供帮助。为了得到英国的庇护，阿古柏还厚颜无耻地对英国使节说：“女王就和太阳一样，在她温和的阳光里，像我这样可怜的人才能够很好地滋长繁荣”，并声称“从这里到伦敦，任何人都可以自由来往”。（包罗杰：《阿古柏伯克传》）
  1873年，英国又派出费赛斯使团带给阿古柏一封英国女王的亲笔信和大批武器。次年，阿古柏和英国签订了《英国与喀什噶尔条约》，通过条约，英国取得在新疆自由进出、商品自由流通及派驻领事享有治外法权等侵略权益。1875年，英国人从印度一次性就给阿古柏运去了连发枪2万多支，山炮8门，炮弹2000发。
  在英国的帮助和沙俄的怂恿下，1870年3月，阿古柏发兵进攻吐鲁番。两个月后，吐鲁番城落入阿古柏之手。1871年，阿古柏侵略军带着英国人的洋枪洋炮，相继攻占了乌鲁木齐、古牧地、木垒、玛纳斯、鄯善等地，一时间气焰甚嚣尘上，新疆只剩下少数清军退据塔城、乌苏一线艰难固守，等待内地派大军前来救援。
  眼见阿古柏侵略军攻占了乌鲁木齐等地，俄国见时机成熟，便趁火打劫，以“代中国守土”的名义，悍然出兵侵占了伊犁，并派使者到喀什噶尔，劝诱阿古柏投靠沙俄。1872年5月，阿古柏便与沙俄签订了所谓《俄阿条约》，非法出卖了中国的大量主权。
  1873年，阿古柏甚至还派人跑到土耳其，承认土耳其奥斯曼帝国是其宗主国，并获得“艾米尔”（伊斯兰教政权首领）的封号，妄图使阿古柏的伪政权在伊斯兰世界合法化。阿古柏还从土耳其购得大量武器，试图长期据有新疆。
  这场瓜分吞并我国新疆领土的闹剧，在阿古柏这个跳梁小丑和外国殖民主义分子们的激情舞动下，一时间居然还弄得有声有色，但正如电影《小兵张嘎》里说的，“别看今天蹦得欢，小心明天拉清单”，等到中国政府做好进剿的准备后，这外贼阿古柏蹦跶的日子也就不多了。
  西域展雄风，唯我左大将军（1）
  阿古柏进占乌鲁木齐、鄯善等地的时候，沙俄也乘机侵占了中国的伊犁，声称“中国威令能达伊犁之后即行撤军”，以加紧与英国争夺中国西北边陲，边疆危机由此愈演愈烈。
  此时的大清帝国，太平军和捻军之乱虽已基本平定，但陕甘的内乱却正如火如荼，当时湘系元老左宗棠受命前往平定内乱。左宗棠本也是一介书生，有学识，有才气，但在科举考试中获得举人功名后一直郁郁不得志，直到后来的镇压太平军运动中才崭露峥嵘，成为一代中兴名臣。
  左宗棠是个恃才傲物的人，性格张扬，但过于恃才傲物，不久就触犯官场上的众怒。后来有人告了左宗棠的黑状，朝廷命湖广总督官文密查，如确有不法事情，可将之就地正法。幸好这时肃顺知道左宗棠人才难得，加上胡林翼、曾国藩等人的保荐，左宗棠才逃过一劫，随后入曾国藩幕府襄理军务，再后又独立门户建立楚军，并署理浙江巡抚，太平军平定后被调任陕甘总督平定内乱。
  左宗棠
  早在1871年沙俄侵占伊犁的时候，左宗棠已经非常警觉，当下就写信给正在休假的部将刘锦棠，让他假满后立刻募练数千湘勇准备西行。1873年，左宗棠最终平定叛乱，当时他已经年届六十，且疾病缠身，完全可以在陇事平定后急流勇退，告老还乡。但左宗棠看到朝廷当时派往新疆的伊犁将军、乌鲁木齐都统等满族贵族根本无力解决新疆危难，便不顾自己年事已高，毅然向清政府请缨，筹议出关大略，敦促清廷立刻对新疆用兵。
  在阿古柏和沙俄在新疆兴风作浪的时候，东南沿海的防务也很紧张，除了英法等强国经常滋事外，连日本也在台湾插了一脚，弄得清政府很是忙乱了一阵。在这种情况下，当时清廷分成了“海防”派和“塞防”派，两派之间争论不休，反而贻误了时机。
  一贯喜欢妥协的李鸿章说，“新疆乃是化外之地，满是沙漠和赤地，加之土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，耗费全国之力，不过收复数千里旷地而增加千百万开支，实在得不偿失”。
  李鸿章的意思是暂且不要大动干戈地去收回新疆，这样做成本太大，胜算不高，倒不如暂时保存实力，先把兵饷用到东南海防，拱卫京师。说这番话时，李鸿章是夹带着自己的私心在内的，如果朝廷把主要国防开支移到东南海防，李鸿章的淮军和后来的北洋系就大有前途了。
  左宗棠对李鸿章的意见很不以为然，他认为，“新疆资源丰富，粮产充足，而且还盛产瓜果，牧场上牛羊遍野，牧马成群；看起来是千里荒漠，但实际上是聚宝之盆”。从战略上来说，“要拱卫京师，必须先保住蒙古，要保蒙古，就必须保住新疆；若新疆不固，则蒙部不安。俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂，不可不豫为绸缪者也”。左宗棠最后特别指出：“若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺。”
  左宗棠认为，西方列强通常是为了商业利益开战，沙俄则更多的是领土要求，后者显然危害更大。当然，左宗棠并不是说海防不重要，他本人其实是非常重视海防的，早在1866年左宗棠就提议创办福州船政局，后因调任陕甘总督才由沈葆桢接手。左宗棠的观点，其实是“海防”与“塞防”并重，并强调先解决最现实的问题。
  现在看来，“海防”派和“塞防”派都有道理，国家寸土寸地，不可轻言放弃。问题的关键是，在力量不足的情况下，应当区分轻重缓急，把最有效的资源用到最能解决问题的地方上去。李鸿章说保新疆花钱且难度又大，不如“严守现有边界，招抚新疆回首，准其自为部落，略奉中国正朔”，的确有妥协卖国之嫌疑。
  乱世当中，没有一点勇气也是不行的！左宗棠提出的“我退寸，而寇进尺”的观点打动了清政府。清廷于1865年任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，授关外用兵、粮饷转运等各项权力，令左宗棠准备开进新疆平乱。
  西域展雄风，唯我左大将军（2）
  左宗棠在平定陕甘内乱的时候，也没有放松对新疆敌情和地理特点的观察。当时乱党白彦虎在左宗棠的镇压之下，也逃奔新疆投靠了阿古柏。而英国人一直在支持阿古柏，并为之输送武器，占据了伊犁的沙俄则暂时坐山观虎斗，试图在其中搞势力均衡，分而治之。
  “大军未动，粮草先行”，出了玉门关，关外大都是戈壁沙漠，粮草和水源非常重要。出征前，左宗棠加紧筹运粮饷，并对出征军队进行了整编，用新买来的西式火器大大改善了部队的武器装备，其中就有威力巨大的开花炮，这在后来的攻城战中发挥了重大作用。
  最后，出征大军整编成了以道员刘锦棠部、都统金顺部、提督张曜部为主的作战部队，兵力约六七万人，刘锦棠被委派总理行营营务，负责前线指挥之责。经过缜密的分析和周全的准备后，左宗棠制定了“先北后南”、“缓进急战”的战略，先拿下北疆，随后再进军南疆。
  “提戎敌忾效前驱，马蹄蹴破天山雪。”计划制定后，已经六十五岁的左宗棠不顾边塞之苦，指挥大军向新疆进发，出关西征。临行前，河西走廊沿途的榆柳，“自肃州（酒泉）以西至玉门，连绵数千里，绿如帷幄”。这些树都是左宗棠署理陕甘总督时命人广为种植的，时人称“左公柳”。
  古诗有云，“羌笛何须怨杨柳，春风不度玉门关”，如今玉门关外的“左公柳”，也在春风里摇曳多姿，也许是为老帅和将士们默默送行并预祝他们得胜归来吧。
  1876年4月，左宗棠将自己的行营从甘肃省城兰州移驻到肃州（今酒泉），就近指挥收复南北疆之战。张曜部先行进入新疆屯军哈密，金顺部则屯军巴里坤、古城（今奇台）一带，为进攻乌鲁木齐做准备。
  随后，左宗棠令主力部队刘锦棠部分批出嘉峪关，取道哈密后前往巴里坤会合金顺的部队，先取北路；张曜部则固守哈密，以防范敌人从吐鲁番东犯，抄了清军的后路。
  阿古柏得悉左宗棠所率的清军已经西进，赶忙由阿克苏奔至托克逊，召集党羽们部署防御。最后，以刚投奔过来的白彦虎和新疆叛党马人得两部伪军驻守乌鲁木齐等北疆要地；另又派兵防守胜金台、辟展（今鄯善）一线。阿古柏以为清军会南下进攻，因而把主力两万多人都布置在了达坂、吐鲁番、托克逊，分兵把守，试图顽抗。
  令阿古柏没有想到的是，1876年8月上旬刘锦棠和金顺二部清军从阜康出发，避开大道走小道，声东击西，出乎意料地迫近乌鲁木齐北面重地古牧地（今米泉）。原来大道虽然进军速度快，但供水相对困难，而小道速度稍慢，但水源充足，乘其不备，倒有奇兵的效果。
  白彦虎、马人得等匪徒一时没料到清军来得如此之快，顿时慌了手脚，乌鲁木齐的外围据点很快被刘锦棠所部扫清。随后，刘锦棠和金顺军队逼近乌鲁木齐，这时，左宗棠出征前置买的开花大炮立刻派上了用场。大炮一开花，清军很快就把城墙轰出了一个大缺口，并顺势从缺口冲入城内，只闻杀声震天，白彦虎、马人得等叛军被打得屁滚尿流，仓皇南逃，清军一举收复了乌鲁木齐。
  随后，左宗棠命刘锦棠部驻守乌鲁木齐，继续清剿阿古柏方面的残敌，并以主力之势震慑阿古柏不敢北犯；有了刘锦棠部的屏护，左宗棠又命金顺率军继续西进。昌吉、呼图壁及玛纳斯北城的守敌听说乌鲁木齐已经被清军收复，大都闻风溃逃。只有玛纳斯南城的守敌负隅顽抗，金顺部攻打了一个多月也没拿下，后来刘锦棠和伊犁将军荣全先后赶来增援，才最终占领该城。
  至此，被阿古柏军占领的天山北路之地已经全部收复。而这时冬季已经来临，北疆大地，白雪纷飞，银装素裹，一派北国风光。由于大雪封山，双方无法展开军事行动，刘锦棠等便在天山北路筹集粮草，整练军队，以待来年进军南疆。
  这里要简单提一下前军主将刘锦棠。刘锦棠，字毅斋，湖南湘乡人，父亲刘厚荣和叔父刘松山，都是曾国藩一手带出的湘军将领。刘锦棠十岁时，父亲在镇压太平军时战死，刘锦棠便一直跟随叔父刘松山南征北战。1870年，刘松山在平定叛乱时被击身亡，左宗棠便推荐刘锦棠继续统率他叔父留下的老湘军。刘锦棠接任后，立下了赫赫战功，左宗棠也识人善用，委派刘锦棠为西征的前军主将，是年他不过三十一岁。
  西域展雄风，唯我左大将军（3）
  1877年4月，经过一个冬天的休整后，左宗棠指挥清军对阿古柏匪军展开强大的攻势：主力刘锦棠部自乌鲁木齐南下攻打达坂城；张曜部从哈密出发西进；记名提督叫煺彪部从巴里坤出发，至盐池与张曜部会合，一起进军辟展和吐鲁番。
  刘锦棠部的湘军子弟果然非同凡响，他们以迅雷不及掩耳之势奇袭达坂城，毙敌三千，迅疾破城。随后刘锦棠分兵一部分助攻吐鲁番，自己则率主力直捣托克逊，阿古柏的次子海古拉见清军来势汹汹，抵抗了没多久，赶紧弃城西逃。与此同时，张、徐二部清军也捷报频传，连克辟展、胜金台等地，逃到吐鲁番的白彦虎守敌望风西窜，马人得见逃无可逃，只好率部投降。
  至此，南疆门户洞开，平定全疆指日可待。
  兵败如山倒。阿古柏见大势已去，5月下旬在库尔勒气急暴病而死。有人说阿古柏是因浩汗被沙俄占领（1876年）而绝望自杀的（那好歹能算是浩罕爱国人士），但也有人说是被人毒死的。不管怎么说，反正这个在新疆兴?