《中俄北京条约》还涉及了中俄西段的疆界。同治三年（1864年），沙俄再次强迫清政府于塔城签订了《中俄勘分西北界约记》，割去了巴尔喀什湖以东以南的中国领土，包括原属中国内湖的斋桑湖、特穆尔图淖尔在内的共计约44万平方公里土地。
  清朝时，中国西部疆界应在巴尔喀什湖。19世纪后，沙俄在中亚开始殖民扩张，并把俄国的边界推进到中国的斋桑湖，直至卡伦线，随后又武装侵占了巴尔喀什湖东南的喀拉塔勒河、伊犁河等七河地区。1854年，俄国人强占了阿拉木图，并把伊犁河下游一带据为己有。
  沙俄趁着清政府正值内乱，援引《中俄北京条约》关于中俄西部边界走向的规定，逼迫清政府赶紧订约割地，承认既定事实。在谈判中，俄国人坚持要以中国“常驻卡伦（类似哨所）”为界，强迫清政府接受俄国的划界方案。
  中方代表乌里雅苏台将军明谊对俄国单方面提出的方案严加驳斥，认为“常驻卡伦”并非中国的国境线，就是按照《中俄北京条约》第2条规定，中、俄两国也“应顺山岭大河之流”划界，斋桑湖和特克斯河上游等地仍属中国，俄国无权霸占。
  俄方代表理屈词穷，就开始横加破坏，耍横耍赖，并派出军队强占伊犁、塔城地区中国常驻卡伦西侧的战略要地，阻止中国军队出常设卡伦查边；还派人在斋桑湖、额尔齐斯河和伊塞克湖周围设立哨所、垒石立界，伪造碑界的既定事实。
  1864年9月，清政府在外有沙俄大军压境、内有叛乱的形势下，被迫签订了《中俄勘分西北界约记》。这样，中国西部的三大湖——巴尔喀什湖、斋桑湖和伊塞克湖，连同周围的广大地区共达四十四万多平方公里的领土，被沙俄完全侵占。
  苏联解体后，斋桑泊和巴尔喀什湖位于哈萨克斯坦境内，伊塞克湖则位于吉尔吉斯斯坦境内。我国古代著名的汗血宝马的故乡，就在大清池（伊塞克湖）附近，唐代伟大诗人李白，也是出生在位于这一地区的碎叶城。
  一眨眼功夫，老母鸡变鸭，李白居然也成了外国出生的人！
  固然，我国古代疆域变化极为复杂，而且也没有具体的国界概念，统治者大都认为“普天之下，莫非王土”，边远之地，尽是蛮荒。但就近代而言，特别是民族国家兴起后，中国国境应当以1759年即乾隆二十四年开始形成的稳定疆域作为衡量标准，那就是北起额尔古纳河、外兴安岭，西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至库页岛，南至南海诸岛。
  但是，通过《瑷珲条约》、《中俄北京条约》和《中俄勘分西北界约记》，沙俄总共割去中国约一百四十四万平方公里的领土，相当于今天两个法国与一个波兰面积的总和。对照历史，沙俄是中国近代屈辱史里的最大受益者，但很奇怪的是，它并没有和中国发生大规模的冲突！
  鸠占鹊巢，外贼侵地妄称王（1）
  1864年《中俄勘分西北界约记》签订之时，新疆正处于多事之秋。此时的清政府，注意力大都被太平天国和捻军等内地起义军吸引，对新疆的控制有所放松，南疆先后出现了三个较大规模的割据叛乱政权，即库车的热西丁霍加、和阗的哈比布拉帕夏与喀什噶尔（今喀什）的司迪克伯克。
  三个割据叛乱政权中，以喀什噶尔的司迪克伯克危害最大。司迪克本是一个趁乱起事的西域枭雄，占城为王后感到底气不足，人心不稳，便想请一个有宗教和贵族背景的人来压压场子，以帮助维持统治，后来他左盘算右盘算，最后选定了一个人，即当时避居在浩罕国的布素鲁克，即当年大和卓之曾孙、张格尔的独子，一个血统纯正的白山派“霍加后裔”。（和卓为波斯语的汉语音译，意为“圣裔”，专指伊斯兰教创始者穆罕默德的子孙，后来也用以称呼伊斯兰教学者和大阿匐。）
  说起这张格尔，乃是当年的大和卓之孙。“大小和卓”之乱被平定后，新疆安定了半个多世纪，但是，躲在中亚浩罕国避难的张格尔仍旧贼心不死，19世纪初他在浩罕国的支持下，屡次潜回新疆，试图制造混乱，夺回原来的权势。
  当时发生了一个“斌静”案。1819年，喀什噶尔参赞大臣斌静强占了浩罕商人萨赖占的女儿，出于民族和宗教的禁忌，萨赖占在羞忿之下，将女儿杀死，抛尸在参赞衙门。此案发生后，新疆人心激愤，要求清政府严惩肇事凶手，当时清政府派了伊犁将军庆祥前往查办，但庆祥庇护斌静，只将他革职查办而草草收场，结果引发了更大的矛盾和冲突。
  趁此机会，张格尔在浩罕统治者的支持下乘虚而入，大肆鼓噪，带领数百人入境企图煽动民众作乱，但这些人刚一入境就遭到清军的伏击，几乎全军覆没，只有张格尔和少数几个亲随冒死逃脱。1824年，张格尔再次入境作乱，但还是无功而返。两年后，他第三次入境，并利用狂热的宗教煽动，裹胁了万余人攻占喀什噶尔，并一度占领了塔里木盆地南缘的英吉沙、叶尔羌、和阗等地。
  但好景不长，清政府很快派伊犁将军长龄和陕甘总督杨遇春率兵进剿张格尔，并收复了英吉沙、叶尔羌、喀什噶尔、和阗等地，张格尔后来也被清军将领杨芳活捉，结果被械送到北京斩首示众。
  在“大小和卓”和“张格尔”之乱后，大小和卓的后裔一直躲在浩罕国避难。清政府曾多次要求将这些人引渡回国，但遭到了浩罕统治者的拒绝，原来，浩罕统治者想利用这些人在当地的“圣裔”身份和宗教影响力，来干涉新疆的事务，谋求自己的利益。
  浩罕国本是19世纪的中亚国家，处于费尔干纳盆地，清初的时候也曾归附过大清帝国。19世纪初期，这个信仰伊斯兰教的小国利用清朝衰落的机会，控制了哈萨克草原和帕米尔以西的广大地区，其疆域北到锡尔河，西达咸海，南接印度，其疆域跨越了现在除土库曼斯坦的中亚四国（乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦），一跃成为一个野心勃勃的中亚地区大国。
  浩罕国的主要居民为乌兹别克人，其次为塔吉克人、吉尔吉斯人和哈萨克人，核心地区在包括浩罕、安集延、马尔吉兰、纳曼干等城的费尔干纳盆地，19世纪中期，人口约一百五十万。在奥马尔汗（1809—1822在位）和马达里汗（1822—1842在位）的统治下，汗国进入鼎盛时期。马达里汗统治期间，曾竭力支持和卓后裔进行叛乱活动。只可惜此人统治暴虐，后于1842年的内乱中被杀死，浩罕国的国内政局也由此陷入动荡之中，直到1876年被沙俄吞并。
  浩罕国支持和卓后裔进行叛乱活动，原因既有在喀什噶尔的商业利益考虑，也不乏对新疆的领土野心。当时的喀什噶尔有很多来自浩罕的商人，浩罕甚至还在喀什噶尔设立了特别官员对这些人进行管辖。当时的新疆人多以“安集延人”代指浩罕国的人，而安集延正是浩罕国的商贸名城。由此看来，如果浩罕派遣的官员算是领事的话，英法并不是最早获得使节驻华权和领事裁判权的国家。
  鸠占鹊巢，外贼侵地妄称王（2）
  回头说在喀什噶尔割据为王的司迪克，他派人前往浩罕国请求浩罕国王艾力木浑尔汗将张格尔的独生子布素鲁克送回喀什噶尔，企图以白山派“霍加后裔”的名号哄骗人心，维护自己的统治。艾力木库尔汗听后，心头一动，立刻派人把当时正穷途潦倒的布素鲁克找来，让他好好和司迪克“合作”，为浩罕国效力。布素鲁克见天上掉下个大馅饼，当然乐颠颠地一口答应立即前往喀什噶尔。
  但是，对这个一天之前还不名一文的布素鲁克，艾力木库尔汗很不放心，便派了一名得力的心腹监送布素鲁克回喀什噶尔，以便从中操纵，而这个人，就是后来在新疆兴风作浪的阿古柏。
  阿古柏又是何许人也？
  阿古柏（约1829—1877年），全名叫穆罕默德·雅霍甫；后来靠出卖脸蛋和妹妹混了个小官，就改叫“雅霍甫伯克”（伯克为突厥语的官名），汉译过来就叫阿古柏。阿古柏出生在浩罕国塔什干城附近，族别不明，可能是乌孜别克族或塔吉克人，但可以肯定不是维吾尔族。
  少年时代的阿古柏长得漂亮，身段风流，一度成为了一个舞姿出众的街头“巴特恰”（男扮女装的舞童），由此被人看中，转送给浩罕国王玛达里汗的侍卫官。后来，阿古柏又投靠了塔什干总督，并把自己的妹妹嫁给了总督大人，由此在浩罕国的军政界崭露头角。
  1865年春，布素鲁克在阿古柏的监督下，乐滋滋地返回了喀什噶尔。布素鲁克这个人，不文不武，毫无主见，在老奸巨猾的阿古柏面前，只能做一个被操纵的傀儡。再者，布素鲁克虽然有白山派“霍加后裔”的虚号，但阿古柏却是随身带着亲兵和幕僚，表面上是说要保护和辅佐布素鲁克，但“枪杆子里面出政权”，阿古柏的实际动机可想而知。
  再说那西域枭雄司迪克，当他见布素鲁克身后多了一个阴险奸诈的外国人阿古柏，并且看到后面整齐的卫队后，不觉心头一惊。“请神容易送神难”，这点道理，司迪克还是懂的。
  果不其然，司迪克和阿古柏都很快猜到了对方的目的。司迪克很懊悔自己的决定，布素鲁克好摆弄，但他身边的阿古柏可不是那么好对付的，弄不好就变成“引狼入室”了！阿古柏见阴谋被识破，一不做，二不休，立即发动兵变将司迪克杀得大败并将之赶出了喀什城。
  这么快就丢掉了自己的老巢，司迪克气得几乎要发疯。心有不甘的他，随后便纠集了六七千人反攻喀什噶尔。阿古柏在明知布素鲁克水平不行的情况下，故意让布素鲁克出城迎战，以便让他战败后好进行操控。果然，布素鲁克被打得大败，狼狈地逃回喀什城，求阿古柏赶紧想办法。随后，阿古柏才拿出看家本领，一举击溃司迪克的势力。司迪克战败后，不知所终。
  在控制局面后，阿古柏于1865年4月在喀什噶尔宣布成立所谓的“哲德沙尔国”，布素鲁克当傀儡大汗，实权则控制在阿古柏这个军阀手中。“哲德沙尔”本是“七城”的意思，指的是天山以南的喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、乌什七座大城。当时阿古柏只控制了喀什噶尔回城（今喀什）与英吉沙，其他五城甚至包括喀什噶尔汉城（今疏勒县）都不在掌握之中。
  但是，阿古柏立即对剩余五个城市打坏主意了。就在宣布“建国”后不久，阿古柏纠集六千兵马，借着朝拜的机会，向另一个割据叛乱政权库车热西丁控制的叶尔羌城发起偷袭。但阿古柏没想到的是，叶尔羌城的老百姓高喊“见到安集延人（即浩罕国人）就杀”，在大街小巷和外来侵略者展开巷战，阿古柏侵略军被杀得大败而归，“偷鸡不成反蚀了把米！”
  阿古柏率领残兵败将回撤途中，屋漏偏逢连夜雨，又碰到库车热西丁部将的军队，结果又被杀得落花流水，慌忙窜回了喀什噶尔。急火攻心之下，阿古柏把火全撒在了当时还没有攻下的喀什噶尔汉城上。喀什噶尔汉城守备何步云被围困13个月后，见势不妙便暗通敌人，汉城沦陷，帮办大臣奎英等人自杀殉国。阿古柏占领汉城后，纵兵大杀。
  鸠占鹊巢，外贼侵地妄称王（3）
  而此时中亚地区也日益遭到了沙俄的蚕食，浩罕国也处在了亡国的边缘。1865年秋，约七千浩罕残军在玉努斯江的率领下，逃到喀什噶尔投奔了阿古柏。阿古柏见故国难保，就干脆下定决心要吞并整个新疆，把中国新疆割裂出去，占地为王。阿古柏的罪恶行径，已经完全演变成了割裂中国领土的侵略行为。
  阿古柏对七千浩罕残军整编完成之后，派玉努斯江对叶尔羌再次发动强攻。攻克叶尔羌后，玉努斯江进行了血腥屠城，杀得城内血流成河，作为上次偷袭失败的报复。随后，阿古柏又以去和阗朝拜的名义，诱捕了和阗“帕夏”哈比布拉，并将和阗城纳入自己的魔掌之中。
  库车的热西丁不甘心失败，率领剩余军队反攻叶尔羌，并准备从阿克苏进军，南北夹击喀什噶尔，但这个计划遭到失败，阿克苏反被阿古柏攻占。1867年5月，阿古柏亲率大军到达拜城与热西丁的库车军队决战，最终击溃热西丁势力，阿古柏随之占领了库车、喀喇沙尔（今库尔勒、焉耆）。
  至此，阿古柏已基本占有了整个南疆。这时的阿古柏，已经不再需要什么“霍加圣裔”之类的傀儡，?