自己的得意之作《释梦》会哄动一时，可后来，他说：“这样的见解命当如此，可一辈子只能有一次。”然而，这本书出版的时候，即1899年12月，虽然听到一些恭维话，在维也纳还是有一些乱七八糟的评论，而在别的地方却没有丝毫反应。从商业角度看，这本书亏成了无底洞，6年时间只卖出去351本。
  弗洛伊德比以前任何时候更感到无人问津，孤立无援。他的门诊业务，原指望这本书会有所帮助的，哪知还是要死不活，他仍然遭受着害怕贫穷的痛苦。他与布罗伊尔的友谊早就断了线，他对弗里士作为自己的密友、支持者、合作人和偶象的、非常热切的亲密和无法独立的依赖也在崩溃之中。在他进行自我分析的时候，他曾仔细地分析了他对弗里士近乎崇拜的感情，发现这里面有几乎精神病的倾向和一种掩盖起来的、含有同性恋成分的因素在里面。当自我分析使弗络伊德从对弗里士的情感依赖中解脱出来的时候，后者变得很容易激怒，经常是鸡蛋里面挑骨头。1900年8月的一次大会上，他们彼此疯狂地攻击对方的观点，弗里士告诉弗洛伊德说，他怀疑弗洛伊德的心理分析研究有什么价值。他们再也没有碰过面，他们通信往来的热情也逐渐消失。几年以后，他们之间的友谊突然间完全终结，当时，弗里士谴责弗洛伊德把他尚未出版的万有遗传双性论理论透露给哲学家奥托·魏宁格（他然后在出版物中使用了这些观点），而又没有指明这是弗里士的观点。
  但是，从这年起，弗洛伊德的生活开始有所改善了。1902年，他终于被提升为维也纳大学的特命教授，他余下来的一生都是以弗洛伊德教授闻名于天下的。这项荣誉来得是迟了些，可是，从名分上和实际上都还是雪里送炭，使他受益不浅的。
  也是在这一年，维也纳的一位医生威尔汉姆·斯特克尔给弗洛伊德出了个主意，这人曾患阳萎，被弗洛伊德治好了。他建议弗洛伊德每周开一次晚会，让一些对他的工作有兴趣的同事来参加。弗洛伊德喜欢这个主意，向其他3位医生发出了邀请函。1902年秋天，这5位把自己叫做“星期三心理学会”的医生开始在弗洛伊德的办公室内定期碰面。一位成员交一份论文，之后，几个人一边喝咖啡用茶点，一边讨论这篇论文和相关的心理学理论和疗法。按其中一位成员的说法：“最初几年，这屋子里有某种宗教盟誓的气氛。弗洛伊德自己是它的新教主和预言家，他使当时心理学调查当中的一些方法流于肤浅。”
  这个团体慢慢成长起来，它早期的成员包括奥托·兰克、阿尔弗雷德·阿德勒、山达·弗伦茨和欧内斯特·琼斯，后来注定都成了心理学运动中的大腕。到1906年，共有17名成员，两年后，这个不断成长的团体组成了维也纳心理分析学会，不过已经分出了教派，争吵不断。这时期，在欧洲和美洲也冒出了许多类似的学会，到1910年，在纽伦堡的一次大会上，国际心理分析协会也成立了。
  弗洛伊德的教授地位和组建星期三心理学会的工作，使他在门诊业务和收入上都获得了丰收。他单独开了一个办公套间，与他家宽敞的住宅完全分开。他开始收藏罗马和希腊小雕像及他喜爱的其它一些古董，把它们摆放在视线所及的桌子上，他自己就坐在病人的躺椅靠头那一边的后面。他现在还有钱到更遥远的地方去过更豪华的度假生活。他习惯于非常努力地工作9个月，再休3个月的暑假。他与全家——玛莎、他们的6个孩子、玛莎末嫁的姐妹明娜——一起先到山区度过假期的前面一部分。尽管他在照片里显得神情严肃，甚至目光可惧——有人说他的眼神有穿透力，还说他颐指气使——可在私人生活当中，他可以是个热情、豁达散荡、不拘小节的人，度假的时候还背一个背包，穿上远足衣和长靴，带着稍大些的孩子们行走在森林里，爬山，找蘑菇，还钓鱼。这样过几个星期之后，他会离开家人去到意大利，拜访罗马市，这也是他自我分析的成果之一。玛莎不跟他一起去，弗洛伊德是个很保守的维也纳中产阶级家长，他的妻子是个家庭女主人，她惟一的人生目的就是要为“我们亲爱的家长”服务。她保持住了安宁与次序，让弗洛伊德从烦琐的俗务中解脱出来，替他整理衣物，甚至为他把牙膏挤在他的牙刷上。有这样的支持，怪不得弗洛伊德这位特别喜欢工作的人会取得如此多的成就。尽管他每天看病长达八九个小时，可是，他在晚上和周末还是写了很多东西，他一生的心理学作品共有23大卷。
  弗洛伊德在新世纪头几年完成了大小不一的许多著述，其中有两部特别重要，一部使他声名大噪，另一部令他恶名昭彰。
  第一部是1901年发表的《普通心理病理学》。它谈论的是诸如遗忘、说话走嘴和做事笨手笨脚这些话题，弗洛伊德认为这些不光是一些小毛病，而是有非常重要的无意识原因的。尽管该书的目的非常严肃，可是，满篇都是从弗洛伊德自己的生活、病人的生活和从报刊及其它来源收集到的许多逗笑的材料。有个例子是弗洛伊德最喜欢举出来的，他后来在其它一些作品中也引用过的。说是，奥地利国会众议院的主席知道，特别召集的一次会议不会产生什么好结果，因此暗地里希望它早点结束，会议开始时，他正式宣布：“先生们，我注意到占合法大多数的出席者已经到场，因此我宣布，会议到此结束！”《普通心理病理学》成了弗洛伊德最为畅销的书，在他活着的时候，已经出了11版，并且翻译成了12种外语。
  第二部著作《性学三论》是1905年出版的。这部著作在把性描述为人类行为当中最为根本的力量时，比以前的作品走得更远。第一篇论及性错乱行为，认为这是不完整或者扭曲成长的后果。第二篇论及婴儿性欲，这篇文章进一步扩展了弗洛伊德早年对这个课题的观点，他坚持认为，所有的人生而具有倒错的潜能，只是在健康的成长中，这种倒错欲被控制了而已。第三篇文章讲青春期性欲和因解剖学差别而形成的男性人格与女性人格的差异。
  《性学三论》里有很多显明的细节，书中有关儿童性欲的理论思想触犯了欧洲和美洲的中产阶级中一些思维受约束的小镇居民们。弗洛伊德被称为思想肮脏的泛性论者和“维也纳的浪荡子”，他写的书被定性为“色情作品”，是对儿童纯洁本性的玷污。按琼斯1955年的说法：“这本书的出版使他声名大败，非难雀起，到现在仍然如此，特别是那些没有受过教育的人。这本书被认为是对儿童天真无邪的诽谤。”可是，该书却引起了极大的注意。在心理学界和精神病学界，人们广泛地讨论此书，再版了好几次，并被翻译成9种外语。詹姆斯·斯特雷奇说，这本书，连同《释梦》一书，是弗洛伊德“对人类知识领域最为重要和最具开创性的贡献”。3年之后，弗洛伊德接受了一项邀请，准备去充当心理学大会的主讲人，该活动是克拉克大学20周年校庆活动的一部分。这是国际社会对他个人和他的工作第一次的肯定。他接受了邀请，去了麻省的沃切斯特市，同行的还有两位同事，圣多尔·弗伦兹和卡尔·荣格，并在由处于领导地位的一些心理学家和精神病学家组成的听众面前宣读了5篇论文，论题涉及心理分析学历史、其主要的理论和治疗方法。有一些听众觉得这些材料大不敬（著名医师威尔·迈克尔说弗洛伊德是个“肮脏可恶的家伙”，一位加拿大校长说，弗洛伊德好像是要提倡“回归到野蛮状态”），可是，大多数听众，包括威廉·詹姆斯在内，都留下了很深的印象。这些演讲在各家日报和《国家报》的讨论中受到好评，发表在《美国心理学家》杂志上，使弗洛伊德的思想在更广大的范围内产生了影响。这次会议以后，弗洛伊德名声鹊起。
  并不是说，这就给他带来了片刻安宁。弗洛伊德是个骄傲、敏感、倔犟的自我中心主义者，跟其他许多伟大的开拓者一样，他埋头扎入由他开创的这个运动之中，企图控制这个运动之内因为理论和治疗方法而产生的纷争。他好像感觉到，维也纳心理学会不应该以一视同仁的方法来运行，而应该分成层次来，这个态度对一个生活在专制国家的人来说是很自然的。可是，这个观点也许还是合理的，因为一个有了很多发现的人肯定希望保护这些发现，使它们免遭扭曲和玷染。结果，在理论和实践上的一些争斗，因此而产生的一些裂痕，一直就是心理分析学运动中反复出现的一个模式。
  从某种角度上来看，这个模式也许只是其开创者人格特征在一个机构中的反映。弗洛伊德曾是布罗伊尔，然后又是弗里士的密友，可后来，他们的友谊都冷淡下来，而且，在别人发展出一套与他自己不同的理论时，彼此间竟恶语相向，直到不相往来，他与两个人的情况都是如此。在后来的许多年里，他与最亲密的门徒和同事间都出现了类似的裂痕。
  阿尔弗莱德·阿德勒慢慢认识到，影响儿童成长的最主要的一些因素，与他或她在家庭中的位置有关，与父母的育儿方式也有关系。如果这些位置和方式有造成病态的倾向时，它们会在儿童身上形成“自卑情绪”，从而导致希望进行补偿的行为。阿德勒对弗洛伊德关于性欲在性格形成和精神病的发作当中所起的作用的观点不敢苟同，他认为，打个比方说，女性的性格并不是因为阴茎缺失造成的，相比对男性的社会地位和特权的嫉妒要弱得多，而且，男孩在约5岁时的冲突，在俄狄浦斯情绪上的根源相比他的竞争渴望和无权的感觉要浅得多。阿德勒与企图用自己的理论来包容阿德勒理论，而又不成功的弗洛伊德进行了长期的争论之后，与其他几个门徒于1911年退出了维也纳学会，并形成了他们自己的学会。
  瑞士精神病学家和心理学家卡尔·荣格不同意弗洛伊德有关精神病的性欲起源的重要理论。他认为，精神病是当前调节不良的表现，而不是婴儿期或儿童期的创伤由起的疾病。荣格还坚信宗教和神秘主义的信条，相信所有人共有的“集体无意识”精神现象。这些学说是他和弗洛伊德之间产生争论的根源。荣格曾经是弗洛伊德热切的信徒，可是，他慢慢地退了出来，1914年，他从弗洛伊德运动中正式分裂出来，并形成了自己的学派。
  奥托·兰克在许多年里一直都是弗络伊德的忠实信徒和亲密助手，他慢慢地形成了自己的理论，认为焦虑的主要根源是出生的创伤，男性性渴望是希望重返子宫的欲望。弗洛伊德希望用自己的观点来调和兰克的观点，但没有成功，两人的关系开始紧张，最后于1926年结束了。
  有一次，在弗洛伊德家的餐桌上，大家谈到了他无法团结信徒这个话题，弗洛伊德的一位姑姑说：“你的问题在于，你根本不了解别人。”
  可令人惊奇的是，在这些令人不快的日子里，弗洛伊德还跟以前一样高产，第一次世界大战期间清苦的生活，以及因之出现的社会混乱使他的业务急剧下降，而战后的通胀把他一辈子存的钱都吞掉了。
  他继续通过与病人进行的临床工作来发展自己的心理分析理论，并通过信函和国际会议与同行们交流思想，不过，他再也没有与任何人进行与他和布罗伊尔或者弗里士那样的合作。他不断地通过文章、病案史和著述来丰富自己的心理分析理论。
  当然，弗洛伊德心理学只是人类心理学的一部分，弗洛伊德自己也是这么看的。这门学问并不关心所有那些似乎是作为进化和文化最高成就的、有意识的学习过程、推理过程、解决问题的方法以及创造性。关于行为主义理论，关于严格以外部探索的方法来解决心理学研究的问题，它也只字不提，而对于20年代风行美国各大学心理学系的东西，弗洛伊德本人在一个脚注中说完全不予考虑。
  弗洛伊德心理学过去是，现在仍然是以完全内窥的方式和好像没有时间的方式来探索的，它与发生在他周围世界里的那么多东西形成鲜明对照。电能、内燃机、汽车和飞机、电话和无线电，都在剧烈地改变着人们的日常生活和社会模式；战争和革命摧毁了帝国，孕育了新的民主和独裁政体；等级结构和家庭生活的维多利亚基础分崩离析，并导致更广泛的选举权、社会流动性、女权和离婚。在发生的所有这些事情里，弗洛伊德还是专注于原初和永恒的内在真理：性欲和其它的本能，它们与外部世界要求之间的冲突，儿童期的事件及其对他们的人格和情感造成的影响。