后历骠骑王导长史，迁太子中庶子。及在东宫，深见宠遇，太子与为布衣之交。数陈规讽，又献《侍臣箴》，甚有弘益。时太子起西池楼观，颇为劳费，峤上疏以为朝廷草创，巨寇未灭，宜应俭以率下，务农重兵，太子纳焉。王敦举兵内向，六军败绩，太子将自出战，峤执鞚谏曰：「臣闻善战者不怒，善胜者不武，如何万乘储副而以身轻天下！」太子乃止。
  明帝即位，拜侍中，机密大谋皆所参综，诏命文翰亦悉豫焉。俄转中书令。峤有栋梁之任，帝亲而倚之，甚为王敦所忌，因请为左司马。敦阻兵不朝，多行陵纵，峤谏敦曰：「昔周公之相成王，劳谦吐握，岂好勤而恶逸哉！诚由处大任者不可不尔。而公自还辇毂，入辅朝政，阙拜觐之礼，简人臣之仪，不达圣心者莫不於邑。昔帝舜服事唐尧，伯禹竭身虞庭，文王虽盛，臣节不愆。故有庇人之大德，必有事君之小心，俾方烈奋乎百世，休风流乎万祀。至圣遗轨，所不宜忽。愿思舜、禹、文王服事之勤，惟公旦吐握之事，则天下幸甚。」敦不纳。峤知其终不悟，于是谬为设敬，综其府事，干说密谋，以附其欲。深结钱凤，为之声誉，每曰：「钱世仪精神满腹。」峤素有知人之称，凤闻而悦之，深结好于峤。会丹阳尹缺，峤说敦曰：「京尹辇毂喉舌，宜得文武兼能，公宜自选其才。若朝廷用人，或不尽理。」敦然之，问峤谁可作者。峤曰：「愚谓钱凤可用。」凤亦推峤，峤伪辞之。敦不从，表补丹阳尹。峤犹惧钱凤为之奸谋，因敦饯别，峤起行酒，至凤前，凤未及饮，峤因伪醉，以手版击凤帻坠，作色曰：「钱凤何人，温太真行酒而敢不饮！」敦以为醉，两释之。临去言别，涕泗横流，出阁复入，如是再三，然后即路。及发后，凤入说敦曰：「峤于朝廷甚密，而与庾亮深交，未必可信。」敦曰：「太真昨醉，小加声色，岂得以此便相谗贰。」由是凤谋不行，而峤得还都，乃具奏敦之逆谋，请先为之备。
  及敦构逆，加峤中垒将军、持节、都督东安北部诸军事。敦与王导书曰：「太真别来几日，作如此事！」表诛奸臣，以峤为首。募生得峤者，当自拔其舌。及王含、钱凤奄至都下，峤烧硃雀桁以挫其锋，帝怒之，峤曰：「今宿卫寡弱，征兵未至，若贼豕突，危及社稷，陛下何惜一桥。」贼果不得渡。峤自率众与贼夹水战，击王含，败之，复督刘遐追钱凤于江宁。事平，封建宁县开国公，赐绢五千四百匹，进号前将军。
  时制王敦纲纪除名，参佐禁固，峤上疏曰：「王敦刚愎不仁，忍行杀戮，亲任小人，疏远君子，朝廷所不能抑，骨肉所不能间。处其朝者恆惧危亡，故人士结舌，道路以目，诚贤人君子道穷数尽，遵养时晦之辰也。且敦为大逆之日，拘录人士，自免无路，原其私心，岂遑晏处，如陆玩、羊曼、刘胤、蔡谟、郭璞常与臣言，备知之矣。必其凶悖，自可罪人斯得；如其枉入奸党，宜施之以宽。加以玩等之诚，闻于圣听，当受同贼之责，实负其心。陛下仁圣含弘，思求允中；臣阶缘博纳，干非其事，诚在爱才，不忘忠益。」帝从之。
  是时天下凋弊，国用不足，诏公卿以下诣都坐论时政之所先，峤因奏军国要务。其一曰：「祖约退舍寿阳，有将来之难。今二方守御，为功尚易。淮泗都督，宜竭力以资之。选名重之士，配征兵五千人，又择一偏将，将二千兵，以益寿阳，可以保固徐豫，援助司土。」其二曰：「一夫不耕，必有受其饥者。今不耕之夫，动有万计。春废劝课之制，冬峻出租之令，下未见施，惟赋是闻。赋不可以己，当思令百姓有以殷实。司徒置田曹掾，州一人，劝课农桑，察吏能否，今宜依旧置之。必得清恪奉公，足以宣示惠化者，则所益实弘矣。」其三曰：「诸外州郡将兵者及都督府非临敌之军，且田且守。又先朝使五校出田，今四军五校有兵者，及护军所统外军，可分遣二军出，并屯要处。缘江上下，皆有良田，开荒须一年之后即易。且军人累重者在外，有樵采蔬食之人，于事为便。」其四曰：「建官以理世，不以私人也。如此则官寡而材精。周制六卿莅事，春秋之时，入作卿辅，出将三军。后代建官渐多，诚由事有烦简耳。然今江南六州之土，尚又荒残，方之平日，数十分之一耳。三省军校无兵者，九府寺署可有并相领者，可有省半者，粗计闲剧，随事减之。荒残之县，或同在一城，可并合之。如此选既可精，禄俸可优，令足代耕，然后可责以清公耳。」其五曰：「古者亲耕藉田以供粢盛，旧置藉田、廪牺之官。今临时市求，既上黩至敬，下费生灵，非所以虔奉宗庙蒸尝之旨。宜如旧制，立此二官。」其六曰：「使命愈远，益宜得才，宣扬王化，延誉四方。人情不乐，遂取卑品之人，亏辱国命，生长患害。故宜重其选，不可减二千石见居二品者，」其七曰：「罪不相及，古之制也。近者大逆，诚由凶戾。凶戾之甚，一时权用。今遂施行，非圣朝之令典，宜如先朝除三族之制。」议奏，多纳之。
  帝疾笃，峤与王导、郗鉴、庚亮、陆晔、卞壸等同受顾命。时历阳太守苏峻藏匿亡命，朝廷疑之。征西将军陶侃有威名于荆楚，又以西夏为虞，故使峤为上流形援。咸和初，代应詹为江州刺史、持节、都督、平南将军，镇武昌，甚有惠政，甄异行能，亲祭徐孺子之墓。又陈豫章十郡之要，宜以刺史居之。寻阳滨江，都督应镇其地。今以州贴府，进退不便。且古镇将多不领州，皆以文武形势不同故也。宜选单车刺史别抚豫章，专理黎庶。」诏不许。在镇见王敦画像，曰：「敦大逆，宜加斫棺之戮，受崔杼之刑。古人阖棺而定谥，《春秋》大居正，崇王父之命，未有受戮于天子而图形于群下。」命削去之。
  峤闻苏峻之征也，虑必有变，求还朝以备不虞，不听。未几而苏峻果反。峤屯寻阳，遣督护王愆期、西阳太守邓岳、鄱阳内史纪瞻等率舟师赴难。及京师倾覆，峤闻之号恸。人有候之者，悲哭相对。俄而庾亮来奔，宣太后诏，进峤骠骑将军、开府仪同三司。峤曰：「今日之急，殄寇为先，未效勋庸而逆受荣宠，非所闻也，何以示天下乎！」固辞不受。时亮虽奔败，峤每推崇之，分兵给亮。遣王愆期等要陶侃同赴国难，侃恨不受顾命，不许。峤初从之，后用其部将毛宝说，复固请侃行，语在宝传。初，峤与庾亮相推为盟主，峤从弟充言于峤曰：「征西位重兵强，宜共推之。」峤于是遣王愆期奉侃为盟主。侃许之，遣督护袭登率兵诣峤。峤于是列上尚书，陈峻罪状，有众七千，洒泣登舟，移告四方征镇曰：
  贼臣祖约、苏峻同恶相济，用生邪心。天夺其魄，死期将至。谴负天地，自绝人伦。寇不可纵，宜增军讨扑，辄屯次湓口。即日护军庾亮至，宣太后诏，寇逼宫城，王旅挠败，出告籓臣，谋宁社稷。后将军郭默、冠军将军赵胤、奋宗将军袭保与峤督护王愆期、西阳太守邓岳、鄱阳内史纪瞻，率其所领，相寻而至。逆贼肆凶，陵蹈宗庙，火延宫掖，矢流太极，二御幽逼，宰相困迫，残虐朝士，劫辱子女。承问悲惶，精魂飞散。峤暗弱不武，不能徇难，哀恨自咎，五情摧陨，惭负先帝托寄之重，义在毕力，死而后已。今躬率所统，为士卒先，催进诸军，一时电击。西阳太守邓岳、寻阳太守褚诞等连旗相继，宣城内史桓彝已勒所属屯滨江之要，江夏相周抚乃心求征，军已向路。
  昔包胥楚国之微臣，重趼致诚，义感诸侯。蔺相如赵邦之陪隶，耻君之辱，按剑秦庭。皇汉之季，董卓作乱，劫迁献帝，虐害忠良，兰东州郡相率同盟。广陵功曹臧洪，郡之小吏耳，登坛臿血，涕泪横流，慷慨之节，实厉群后。况今居台鼎，据方州，列名邦，受国恩者哉！不期而会，不谋而同，不亦宜乎！
  二贼合众，不盈五千，且外畏胡寇，城内饥乏，后将军郭默即于战阵俘杀贼千人。贼今虽残破都邑，其宿卫兵人即时出散，不为贼用。且祖约情性褊厄，忌克不仁，苏峻小子，惟利是视，残酷骄猜，权相假合。江表兴义，以抗其前，强胡外寇，以蹑其后，运漕隔绝，资食空悬，内乏外孤，势何得久！
  群公征镇，职在御侮。征西陶公，国之耆德，忠肃义正，勋庸弘著。诸方镇州郡咸齐断金，同禀规略，以雪国耻，苟利社稷，死生以之。峤虽怯劣，忝据一方，赖忠贤之规，文武之助，君子竭诚，小人尽力，高操之士被褐而从戎，负薪之徒匍匐而赴命，率其私仆，致其私杖，人士之诚，竹帛不能载也。岂峤无德而致之哉？士禀义风，人感皇泽。且护军庾公，帝之元舅，德望隆重，率郭后军、赵、龚三将，与峤戮力，得有资凭，且悲且庆，若朝廷之不泯也。其各明率所统，无后事机。赏募之信，明如日月。有能斩约峻者，封五等侯，赏布万匹。夫忠为令德，为仁由己，万里一契，义不在言也。
  时陶侃虽许自下而未发，复追其督护龚登。峤重与侃书曰：
  仆谓军有进而无退，宜增而不可减。近已移檄远近，言于盟府，克后月半大举。南康、建安、晋安三郡军并在路次，同赴此会，惟须仁公所统至，便齐进耳。仁公今召军还，疑惑远近，成败之由，将在于此。
  仆才轻任重，实凭仁公笃爱，远禀成规。至于首启戎行，不敢有辞，仆与仁公当如常山之蛇，首尾相卫，又脣齿之喻也。恐惑者不达高旨，将谓仁公缓于讨贼，此声难追。仆与仁公并受方岳之任，安危休戚，理既同之。且自顷之顾，绸缪往来，情深义重，著于人士之口，一旦有急，亦望仁公悉众见救，况社稷之难！
  惟仆偏当一州，州之文武莫不翘企。假令此州不守，约峻树置官长于此，荆楚西逼强胡，东接逆贼，因之以饥馑，将来之危乃当甚于此州之今日也。以大义言之，则社稷颠覆，主辱臣死，公进当为大晋之忠臣，参桓文之义，开国承家，铭之天府；退当以慈父雪爱子之痛。
  约峻凶逆无道，囚制人士，裸其五形。近日来者，不可忍见。骨肉生离，痛感天地，人心齐一，咸皆切齿。今之进讨，若以石投卵耳！今出军既缓，复召兵还，人心乖离，是为败于几成也。愿深察所陈，以副三军之望。
  峻时杀侃子瞻，由是侃激励，遂率所统与峤、亮同赴京师，戎卒六万，旌旗七百余里，钲鼓之声震于百里，直指石头，次于蔡洲。侃屯查浦，峤屯沙门浦。时祖约据历阳，与峻为首尾，见峤等军盛，谓其党曰：「吾本知峤能为四公子之事，今果然矣。」
  峻闻峤将至，逼大驾幸石头。时峻军多马，南军杖舟楫，不敢轻与交锋。用将军李根计，据白石筑垒以自固，使庾亮守之。贼步骑万余来攻，不下而退，追斩二百余级。峤又于四望矶筑垒以逼贼，曰：「贼必争之，设伏以逸待劳，是制贼之一奇也。」是时义军屡战失利，峤军食尽，陶侃怒曰：「使君前云不忧无将士，惟得老仆为主耳。今数战皆北，良将安在？荆州接胡蜀二虏，仓廪当备不虞，若复无食，仆便欲西归，更思良算。但今岁计，殄贼不为晚也。」峤曰：「不然。自古成监，师克在和。光武之济昆阳，曹公之拔官渡，以寡敌众，杖义故也。峻、约小竖，为海内所患，今日之举，决在一战。峻勇而无谋，藉骄胜之势，自谓无前，今挑之战，可一鼓则擒也。奈何舍垂立之功，设进退之计！且天子幽逼，社稷危殆，四海臣子，肝脑涂地，峤等与公并受国恩，是臻命之日，事若克济，则臣主同祚，如其不捷，身虽灰灭，不足以谢责于先帝。今之事势，义无旋踵，骑猛兽，安可中下哉！公若违众独反，人心必沮。沮众败事，义旗将回指于公矣。」侃无以对，遂留不去。
  峤于是创建行庙，广设坛场，告皇天后土祖宗之灵，亲读祝文，声气激扬，流涕覆面，三军莫能仰视。其日侃督水军向石头，亮、峤等率精勇一万从白石以挑战。时峻劳其将士，因醉，突阵马踬，为侃将所斩，峻弟逸及子硕婴城自固。峤乃立行台，布告天下，凡故吏二千石、台郎御史以下，皆令赴台。于是至者云集。司徒王导因奏峤、侃录尚书，遣间使宣旨，并让不受。贼将匡术以台城来降，为逸所击，求救于峤。江州别驾罗洞曰：「今水暴长，救之不便，不如攻榻杭。榻杭军若败，术围自解。」峤从之，遂破贼石头军。奋威长史滕含抱天子奔于峤船。时陶侃虽为盟主，而处分规略一出于峤，及贼灭，拜骠骑将军、开府仪同三司，加散骑常侍，封始安郡公