玄，万机虚旷，令武陵王遵依旧典，承制总百官行事，加侍中，余如故。并大赦谋反大逆己下，惟桓玄一祖之后不宥。夏四月己丑，大将军、武陵王遵称制，总万机。庚寅，帝至江陵。庚戌，辅国将军何无忌、振武将军刘道规及桓玄将庾稚、何澹之战于湓口，大破之。玄复逼帝东下。五月癸酉，冠军将军刘毅及桓玄战于峥嵘洲，又破之。己卯，帝复幸江陵。辛巳，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之奉帝居于南郡。壬午，督护冯迁斩桓玄于貊盘洲。乘兴反正于江陵。甲申，诏曰：「奸凶篡逆，自古有之。朕不能式遏杜渐，以致播越。赖镇军将军裕英略奋发，忠勇绝世，冠军将军毅等诚心宿著，协助同嘉谋。义声既振，士庶效节，社稷载安，四海齐庆。其大赦，凡诸畏逼事屈逆命者，一无所问。」戊寅，奉神主人于太庙。闰月己丑，桓玄故将扬武将军桓振陷江陵，刘毅、何无忌退守寻阳，帝复蒙尘于贼营。六月，益州刺史毛璩讨伪梁州刺史桓希，斩之。秋七月戊申，永安皇后何氏崩。八月癸酉，祔葬穆帝章皇后于永平陵。九月，前给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，伏诛。冬十月，卢循寇广州，刺史吴隐之为循所败。执始兴相阮腆之而还。慕容德死，兄子超嗣伪位。
  义熙元年春正月，帝在江陵。南阳太守鲁宗之起义兵，袭破襄阳。己丑，刘毅次于马头。桓振以帝屯于江津。辛卯，宗之破振将温楷于柞溪，进次纪南，为振所败。振武将军刘道规击桓谦，走之。乘舆反正，帝与琅邪王幸道规舟。戊戌，诏曰：「朕以寡德，夙纂洪绪。不能缉熙遐迩，式遏奸宄。逆臣桓玄乘衅肆乱，乃诬罔天人，篡据极位。朕躬播越，沦胥荒裔，宣皇之基，眇焉以坠。赖镇军将军裕忠武英断，诚冠终古。运谋机始，贞贤协其契；抆泪誓众，义士感其心。故霜戈一挥。巨猾奔迸，三率棱威，大憝授首。而孽振猖狂，嗣凶荆郢。幸天祚社稷，义旗载捷，狡徒沮溃，朕获反正。斯实宗庙之灵，勤王之勋。岂朕一人独享伊祜，思与亿兆幸兹更始。其大赦，改元，唯玄振一祖及同党不在原例。赐百官爵二级，鳏寡孤独谷人五斛，大酺五日。」二月丁巳，留台备乘舆法驾，迎帝于江陵。弘农太守戴宁之、建威主簿徐惠子等谋反，伏诛。平西参军谯纵害平西将军、益州刺史毛璩，以蜀叛。三月，桓振复袭江陵，荆州刺史司马休之奔于襄阳。建威将军刘怀肃讨振，斩之。帝至自江陵。乙未，百官诣阙请罪。诏曰：「此非诸卿之过，其还率职。」戊戌，举章皇后哀三日，临于西堂。刘裕及何无忌等抗表逊位，不许。庚子，以琅邪王德文为大司马，武陵王遵为太保，加镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。甲辰，诏曰：「自顷国难之后，人物凋残，常所供奉，犹不改旧，岂所以视人如伤，禹汤归过之诫哉！可筹量减省。」夏四月，刘裕旋镇京口。戊辰，饯于东堂。五月癸未，禁绢扇及摴蒲。游击将军、章武王秀，益州刺史司马轨之谋反，伏诛。桓玄故将桓亮、苻宏、刁预寇湘州，守将击走之。秋八月甲子，封临川王子修之为会稽王。冬十一月，乞付乾归伐仇池，仇池公杨盛大破之。是岁，凉武昭王玄盛遣使奉表称籓。
  二年春正月，益州刺史司马荣期击谯纵将谯子明于白帝，破之。夏五月，封高密王子法莲为高阳王。秋七月，梁州刺史杨孜敬有罪，伏诛。冬十月，论匡复之功，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅南平郡公，右将军何无忌安成郡公，自余封赏各有差。乙亥，以左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗杀零陵太守阮野。
  三年春二月己酉，车骑将军刘裕来朝。诛东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。己丑，大赦，除酒禁。夏五月，大水。六月，姚兴将赫连勃勃僭称天王于朔方，国号夏。秋七月戊戌朔，日有蚀之。汝南王遵之有罪，伏诛。八月，遣冠军将军刘敬宣持节监征蜀诸军事。冬十一月，赫连勃勃大败秃发傉檀，傉檀奔于南山。是岁，高云、冯跋杀慕容熙，云僭即帝位。
  四年春正月甲辰，以琅邪王德文领司徒，车骑将军刘裕为扬州刺史、录尚书事。庚申，侍中、太保、武陵王遵薨。夏四月，散骑常侍、尚书左仆射孔安国卒。甲午，加吏部尚书孟昶尚书左仆射。冬十一月辛卯，雷。梁州刺史杨思平有罪，弃市。癸丑，大风拔树。是月，秃发傉檀僭即凉王位。十二月，陈留王曹灵诞薨。
  五年春正月辛卯，大赦。庚戌，以抚军将军刘毅为卫将军、开府仪同三司，加辅国将军何无忌镇南将军。庚戌，寻阳地震。二月，慕容超将慕容兴宗寇宿豫，阳平太守刘千载、南阳太守赵元并为贼所执。三月己亥，大雪，平地数尺。车骑将军刘裕帅师伐慕容超。夏六月丙寅，震于太庙。刘裕大破慕容超于临朐。秋七月，姚兴将乞伏乾归僭称西秦王于苑川。九月戊辰，离班弑高云，云将冯跋攻班，杀之。跋僭即王位，仍号燕。冬十月，魏清河王绍弑其主圭。
  六年春正月丁亥，刘裕攻慕容超，克之，齐地悉平。是月，广州刺史卢循反，寇江州。三月，秃发傉檀及沮渠蒙逊战于穷泉，傉檀败绩。壬申，镇南将军、江州刺史何无忌及循战于豫章，王师败绩，无忌死之。夏四月，青州刺史诸葛长民、兗州刺史刘籓、并州刺史刘道怜乃入卫京师。五月丙子，大风，拔木。戊子，卫将军刘毅及卢循战于桑落洲，王师败绩。尚书左仆射孟昶惧，自杀。己未，大赦。乙丑，循至淮口，内外戒严。大司马、琅邪王德文都督宫城诸军事，次中皇堂，太尉刘裕次石头，梁王珍之屯南掖门，冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯南岸，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘怀默屯建阳门，淮口筑柤浦、药园、廷尉三垒以距之。丙寅，震太庙鸱尾。秋七月庚申，卢循遁走。甲子，使辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩等帅众追之。是月，卢循寇荆州，刺史刘道规、雍州刺史鲁宗之等败之。又破徐道覆于华容，贼复走寻阳。八月，姚兴将桓谦寇江陵，刘道规败之。冬十一月，蜀贼谯纵陷巴东，守将温祚、时延祖死之。十二月壬辰，刘裕破卢循于豫章。
  七年春二月壬午，右将军刘籓斩徐道覆于始兴，传首京师。夏四月，卢循走交州，刺史杜慧度斩之。秋七月丁卯，以荆州刺史刘道规为征西大将军、开府仪同三司。冬十月，沮渠蒙逊伐凉，凉武昭王玄盛与战，败之。
  八年春二月丙子，以吴兴太守孔靖为尚书右仆射。三月甲寅，山阴地陷四尺，有声如雷。夏五月，乞伏公府弑乞伏乾归，乾归子炽盘诛公府，僭即伪位。六月，以平北将军鲁宗之为镇北将军。秋七月甲午，武陵王季度薨。庚子，征西大将军刘道规卒。八月，皇后王氏崩。辛亥，高密王纯之薨。九月癸酉，葬僖皇后于休平陵。己卯，太尉刘裕害右将军兗州刺史刘籓、尚书左仆射谢混。庚辰，裕矫诏曰：「刘毅苞藏祸心，构逆南夏，籓、混助乱，志肆奸宄。赖宁辅玄鉴，抚机挫锐，凶党即戮，社稷乂安。夫好生之德，所因者本，肆眚覃仁，实资玄泽。况事兴大憝，祸自元凶。其大赦天下，唯刘毅不在其例。普增文武位一等。孝顺忠义，隐滞遗逸，必令闻达。」己丑，刘裕帅师讨毅。裕参军王镇恶陷江陵城，毅自杀。冬十一月，沮渠蒙逊僭号河西王。十二月，以西陵太守硃龄石为建威将军、益州刺史，帅师伐蜀。分荆州十郡置湘州。是岁，庐陵、南康地四震。
  九年春三月丙寅，刘裕害前将军诸葛长民及其弟辅国大将军黎民、从弟宁朔将军秀之。戊寅，加刘裕镇西将军、豫州刺史。林邑范胡达寇九真，交州刺史杜慧度斩之。夏四月壬戌，罢临沂、湖熟皇后脂泽田四十顷，以赐贫人，弛湖池之禁。封镇北将军鲁宗之为南阳郡公。秋七月，硃龄石克成都，斩谯纵，益州平。九月，封刘裕次子义真为桂阳公。冬十二月，安平王球之薨。是岁，高句丽、倭国及西南夷铜头大师并献方物。
  十年春三月戊寅，地震。夏六月，乞伏炽盘帅师伐秃发傉檀，灭之。秋七月，淮北大风，坏庐舍。九月丁巳朔，日有蚀之。林邑遣使来献方物。是岁，城东府。
  十一年春正月，荆州刺史司马休之、雍州刺史鲁宗之并举兵贰于刘裕，裕帅师讨之。庚午，大赦。丁丑，以吏部尚书谢裕为尚书左仆射。二月丁未，姚兴死，子泓嗣伪位。三月辛巳，淮陵王蕴薨。壬午，刘裕及休之战于江津，休之败，奔襄阳。夏四月乙卯，青、冀二州刺史刘敬宣为其参军司马道赐所害。五月甲申，彗星二见。甲午，休之、宗之出奔于姚泓。论平蜀功，封刘裕子义隆彭城公，硃龄石丰城公。己酉，霍山崩，出铜钟六枚。秋七月丙戌，京师大水，坏太庙。辛亥晦，日有蚀之。八月丁未，尚书左仆射谢裕卒，以尚书右仆射刘穆之为尚书左仆射。九月己亥，大赦。
  十二年春正月，姚泓使其将鲁轨寇襄阳，雍州刺史赵伦之击走之。二月，加刘裕中外大都督。夏六月，赫连勃勃攻姚泓秦州，陷之。己酉，新除尚书令、都乡亭侯刘柳卒。秋八月，刘裕及琅邪王德文帅众伐姚泓。丙午，大赦。冬十月丙寅，姚泓将姚光以洛阳降。己丑，遣兼司空、高密王恢之修谒五陵。
  十三年春正月甲戌朔，日有蚀之。二月，凉武昭王李玄盛薨，世子士业嗣位为凉州牧、凉公。三月，龙骧将军王镇恶大破姚泓将姚绍于潼关。夏，刘裕败魏将鹅青于河曲，斩青裨将阿薄干。是月，凉公李士业大败沮渠蒙逊于鲜支涧。五月，刘裕克潼关。丁亥，会稽王修之薨。六月癸亥，林邑献驯象、白鹦鹉。秋七月，刘裕克长安，执姚泓，收其彝器，归诸京师。南海贼徐道期陷广州，始兴相刘谦之讨平之。冬十一月辛未，左仆射、前将军刘穆之卒。
  十四年春正月辛巳，大赦。青州刺史沈田子害龙骧将军王镇恶于长安。夏六月，刘裕为相国，进封宋公。冬十月，以凉公士业为镇西将军，封酒泉公。十一月，赫连勃勃大败王师于青泥北。雍州刺史硃龄石焚长安宫殿，奔于潼关。寻又大溃，龄石死之。十二月戊寅，帝崩于东堂，时年三十七。葬休平陵。
  帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。凡所动止，皆非己出。故桓玄之纂，因此获全。初谶云「昌明之后有二帝」，刘裕将为禅代，故密使王韶之缢帝而立恭帝，以应二帝云。
  恭帝讳德文，字德文，安帝母弟也。初封琅邪王，历中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中，领司徒、录尚书六条事。元兴初，迁车骑大将军。桓玄执政，进位太宰，加兗冕之服，绿綟绶。玄篡位，以帝为石阳县公，与安帝俱居寻阳。及玄败，随至江陵。玄死，桓振奄至，跃马奋戈，直至阶下，瞋目谓安帝曰：「臣门户何负国家，而屠灭若是？」帝乃下床谓振曰：「此岂我兄弟意邪！」振乃下马致拜。振平，复为琅邪王，又领徐州刺史，寻拜大司马，领司徒，加殊礼。义熙二年，置左右长史、司马、从事中郎四人，加羽葆鼓吹。十二年，诏曰：「大司马明德懋亲，大尉道勋光大，并徽序彝伦，燮和二气，髦俊引领，思佐鼎饪。而雅尚冲挹，四门弗辟，诚合大雅谦虚之道，实违急贤赞世之务。昔蒲轮载征，异人并出，东平开府，奇士向臻，济济之盛，朕有钦焉。可敕二府，依旧辟召，必将明易攵俊乂，嗣轨前贤矣。」于是始辟召掾属。时太尉裕都督中外诸军，诏曰：「大司马地隆任重，亲贤莫贰。虽府受节度，可身无致敬。」刘裕之北征也，帝上疏，请帅所莅，启行戎路，修敬山陵。朝廷从之，乃与裕俱发。及有司以即戎不得奉辞陵庙，帝复上疏曰：「臣推毂阃外，将革寒暑，不获展情埏璲，私心罔极。伏愿天慈，特垂听许，使臣微诚粗申，即路无恨。」许之。及姚泓灭，归于京都。十四年十二月戊寅，安帝崩。刘裕矫称遗诏曰：「唯我有晋，诞膺明命，业隆九有，光宅四海。朕以不德，属当多难，幸赖宰辅，拯厥颠覆。仍恃保祐，克黜祸乱，遂冕旒辰极，混一六合。方凭阿衡，惟新洪业，而遘疾大渐，将遂弗兴。仰惟祖宗灵命。亲贤是荷。咨尔大司马、琅邪王，体自先皇，明德光懋，属惟储贰，众望攸集。其君临晋邦，奉系宗祀，允执其中，燮和天下。阐扬末诰，无废我高祖之景命。」是日，即帝位，大赦。
  元熙元年春正月壬辰朔，改元。以山陵未厝，不朝会