无可避免，因为两个人都准备把自己的理论体现于行动之中。于是李贽指斥耿定向为不诚实，言行不一；耿定向则指斥李贽以立异为标榜，立异的目的还是立异，所谓放浪形骸，无非是为了博取超凡脱俗的美名。
  耿定理在1584年去世。同年耿定向被召回北京任左金都御史。他在信里提出李贽迷误耿氏子弟，这种指责促使李贽迁居麻城。多年以后，他还认为这是耿定向有意识地给他以个人侮辱。
  李贽好强喜辩，不肯在言辞上为人所屈，在做官的时候也经常与上司对抗。和耿定向闹翻之后，他更为重视自己的独立不羁。按本朝的习惯，退休的官员被称为“乡官”，也就是意味着他仍然具有官员的身分，要受地方官的节制。地方官可以邀请他协助处理有关的事务，也可以邀请他参与重要的典礼。这种权利和义务，在别人或许会引以为荣，而在李贽则是精神上的压力。他说：“弃官回家，即属本府本县公祖父母管矣。来而迎，去而送；出分金，摆酒席；出轴金，贺寿旦。一毫不谨，失其欢心，则祸患立至。”剃发为僧，除了避免亲族的纠缠以外，摆脱这些牵制也是一个重要的因素。
  李贽虽然身入空门，却没有受戒，也不参加僧众的唪经祈祷。他喜爱清洁成为癖好，衣服一尘不染，经常扫地，以至“数人缚帚不给”。在很多方面，李贽保持着官僚学者的生活方式。例如，即使是短距离的外出，他仍然乘轿；对于书本不愿亲自阅读，而是让助手朗诵以省目力。
  退休以后的十几年，李贽主要的工作是著述。他的著作大部分都在生前刊刻印行，芝佛院中有一间屋子专门堆放书板著作的内容非常广泛，包括儒家经典的阐释、历史资料的观察、文学作品的评论以及伦理哲学的发挥，形式则有论文、杂说、诗歌、书信等等。但是涉及面虽然广泛，却并不等于具有多方面的精深造诣。他写作的历史，对史实没有精确的考辨，也没有自成体系的征象。大段文章照史书抄录，所不同的只是按照自己的意见改换章节，编排次序，再加进若干评论。在接触小说的时候，他所着眼的不是作品的艺术价值和创作方法，也就是说，他不去注意作品的主题意义以及故事结构、人物描写、铺陈穿插等等技巧。他离开了文学创作的特点，而专门研究小说中的人物道德是否高尚，行事是否恰当，如同评论真人实事。再则，即使是阐述哲学理论，也往往只从片段下手，写成类似小品文，而缺乏有系统的推敲，作为结构谨严的长篇大论。谁其如此，当日的士人，对于“李氏《藏书》、《焚书》人挟一册，以为奇货”，就大多感到难于理解。
  要正确认识此中关系，务需探求李贽的写作目的。他的各式各样的著作，无非异途同归，其着眼在把读书人的私人利益与公众的道德相融合。从这点出发，他的写作，有如使用各种乐器演奏同一支交响曲。公私冲突之中能否设法调和？如果他还没有做出恰当的答案，至少已经提出了这个问题。这是一个迫切的问题，对读书人来说，足以影响他们良心与理智的完整性。李贽自身的经历，使他对问题的认识更为深刻，表达更为有力。所以，他的著作仍能获得读者的欣赏。其中衷曲，在一封写给耿定向的信里发挥得淋漓尽致：
  “试观公之行事，殊无甚异于人者。人尽如此，我亦如此，公亦如此。自朝至暮，自有知识以至今日，均以耕田而求食，买地而求种，架屋而求安，读书而求科第，居官而求尊显，博风水以求福荫子孙。种种日用，皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者。及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他；我怜东家之饥矣，又思西家之寒难可忍也；某等肯上门教人矣，是孔孟之志也；某等不肯会人，是自私自利之徒也；某行虽不谨，而肯与人为善；某等行虽端谨，而好以佛法害人。以此而现，所讲者未必公之所行，所行者又公之所不讲，其与言顾行、行顾言何异乎？以是谓孔圣之训可乎？翻思此等，反不如市井小夫身履是事，口便说是事，作生意者便说生意，力田者便说力田，凿凿有味，真有德之言，令人听之忘厌倦怠。”
  李贽的难言之隐在于他强烈地抨击了这些人物以后，他还是不得不依赖这些被抨击者的接济而生活。他们的言行不一是一种普遍的社会现象，耿定向不过是比较显著的例子而已。李贽本人也没有与此绝缘，这就常常使他在对别人作了无情的指责以后，自己感到内疚而稍敛辞锋。只有当他被别人截击，已经无法退避，他的感情才如长江大河，一发而不可收拾。
  在同辈的人物中，李贽虽然享有比别人更多的自由，但是他终究没有找到他最企盼的独立地位。这种困难和冲突迫使他继续写作，笔下内容仍然不能越出这一问题的范畴。这种情况，连同情他的袁中道也为之不解：既然由于对官僚政治不满而绝意仕进，那就理当息机忘世，以文墨自娱；可是写来写去，还总是和官僚政治有关，加之名望越来越大，“祸逐名起”。这就无怪乎招致杀身之祸了。
  李贽和职定向的争论，基于人性的善恶。这个问题所涉及的方面非常广泛，需要从中国哲学史中找出全面的解答。
  问题可以追溯到公元前5世纪的春秋时代。孔子没有提到性善或者性恶。他学说中的核心是“仁”。“仁”可以为善，一个君子的生活目的就在合于“仁”的要求。
  究竟是哪些成分构成了仁，孔子没有明确直接的答复。《论语》一书中，仁字凡六十六见，但从来没有两处的解释相同。一般来说，仁与慈爱、温和、侧隐、以天下为己任等等观念相通。然而在不同的场合，孔子又赋予仁以不同的概念：“己所不欲，勿施于人”的自我克制，言辞谨慎、按照礼仪行事，都可以算作仁或者接近于仁；出于环境的需要，一个人牺牲自己的生命，也叫做“杀身以成仁”。仁是最容易获得的品质，任何人有志于仁，就可以得到仁。但是仁也是最难保持的品质，即在圣贤，例如孔子自己，也难能始终不断地不违反仁。
  后世的读者，必须把这些互不关连的语录再三诵读，再三思索，才有可能理解它的真实内涵。综合来说，温和有礼，慷慨大方是仁的初级阶段。在向更高阶段迈进的过程中，又必须把自己的思想与言行统统纳入它的规范之内，经过不断的积累而可以到达去私，最终到达无我。这样，仁就是一种强迫性的力量、行动的最高准则、超越人世间的品质，也是生活唯一意义之所在，简直和道家的“道”殊途而同归。
  《论语》中这66条有关仁的语录，为孔子的学说安排了形而上的根据，成为儒家一元论宇宙观的基础。这种学说虽然没有直接指责自私的不合理，但已属不言而喻。因为所谓“自己”，不过是一种观念，不能作为一种物质，可以囤积保存。生命的意义，也无非是用来表示对他人的关心。只有做到这一点，它才有永久的价值。这种理想与印度的婆罗门教和佛教的教义相近。印度的思想家认为“自己”是一种幻影，真正存在于人世间的，只有无数的因果循环。儒家的学说指出，一个人必须不断地和外界接触，离开了这接触，这个人就等于一张白纸。在接触中间，他可能表现自私，也可能去绝自私而克臻于仁。
  按照孔子的看法，一个人虽为圣贤，仍然要经常警惕防范不仁的念头，可见性恶来自先天。然而另一方面，既然每个人都有其发扬保持仁的本能，则同样可以认为性善出于天赋。
  孔子去世以后约150年，性善说才首次被明确提出。孟子曾经斩钉截铁地说：“人之性善也，犹水之就下也。人无有不善，水无有不下。”孔孟之间的不同论调，反映了社会环境的变化。孔子的目标，在于期望由像他一样的哲学家和教育家来代替当时诸侯小国中世袭的卿大夫。孟子却生活在一个更加动荡的时代里，其时齐楚之间的王国，采取了全民动员的方式互相争战。这种情形不再允许哲学家以优闲的情调去研究个人生活的舒畅和美。孟子的迫切任务，在于找到一个强者，这个强者应当具有统一全国的条件，并且能接受儒家学说作为这一大业的基础。他企图以雄辩的言辞说服他的对象，引导他和他的延臣回到善良的天性之中，有如引导泛滥的洪水归于大海，以避免一场杀人盈野的浩劫。
  孔孟之道战胜了诸子百家的理论，从汉朝开始，就成为统治全国的指导思想。时代愈是往前发展，统治者对它的依赖程度也愈大。到10世纪以后，也就是唐宋两代，中国经历了一次巨大的变化：经济的重心，由华北旱田地带移至华中和华南的水田地带。随之产生的显著后果，则是内部的复杂性相继增加。官僚阶层过去为豪门大族所垄断，至此改变而为与绅士阶层相表里。军队中的将领逐渐失去了左右政治的力量，文官政治确立为统治帝国的原则。这种多方的改变，使集权的中央政府不得不创立新的哲学理论，以维系社会上成千成万的优秀分子，即读书的士人。这些士人就是绅士阶层，和以前的门阀士族比较，人数多，流动性大，生活面和知识面也远为广阔。以此，儒家单独的伦理性格已经不能完全适应时代的需要，而必须掺和理智上的新因素，才能适应于新的环境。
  针对这种需要，很多学者不断把孔孟的著述加以新的注释，而把这些注释综合调和以构成一种思想系统的，则是宋代的大儒朱熹。他是孔孟以后儒家学派中最有影响的思想家，死后被尊为贤人。他对儒家经典的论述具有权威性，他的《四书集注》，是明朝、清朝两代士人规定的教科书，也是科举考试的标准答案。
  他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”，有时甚至被认为有“科学”的根据。朱熹对过去的历史和哲学著作熟读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则，而且彼此印证。其学说的基础，乃是宇宙和人间的各种事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为不同的“物”。这所谓“物”，包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝悌忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一元论的宇宙观。因为他们认为，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有特性，就是因为它和其他事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作，光线的反射见于人眼是一种动作，为人忠孝也是一种动作。运用这样的观点，朱熹把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为两者都是“郁积之气”企图发散。
  孔子的仁，孟子的性善论，乃至中国社会传统的组织和习惯，都被朱熹视为“天理”。但是人可能违反天理，因为各人秉气不同，有清有浊。如果浊气抬头，天理就被“人欲”所取代。补救的办法是“格物”，也就是接受事物和观察、研究事物。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而突其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”通过格物，可以使人发现天理。
  事实上，朱熹所使用的方法并不是归纳法，也很难说得上科学性。用类比以说明主题，是战国时代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其实人性与水性并没有联系，所谓相似，不过是存在于孟子的主观之中。朱熹的格物，在方法上也与之相同。在很多场合之下，他假借现实的形态以描写一种抽象的观念。他认为一草一木都包涵了“理”，因此他所格的“物”包括自然界。在他看来，传统的社会习惯，乃是人的天赋性格。但是他在作出结论时，却总是用自然界之“理”去支持孔孟伦理之“理”。这也就是以类似之处代替逻辑。
  对朱熹的思想系统，可以从不同的角度批判。其中重要的一个方面是，假如人之愚顽不肖，如他所说在于气浊，则这种生理性的缺点就应当采取机械性的方式补救，例如着眼于遗传，或者如道家的注重吐纳。然而朱熹反对这样的办法。他认为这些气浊的人应该接受教育，经过不断的努力，才可能接近真理。这样一来，朱熹之一个全体的、有组织的宇宙，已成问题，即伦理之理有别于物理之理。
  大凡高度的概括，总带有想象的成