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  第一，高拱坚持他在隆庆皇帝驾崩以前就已看出了冯保的不端并决意把他摈斥。冯保一贯卖官鬻爵，但最为不可忍受的是，当1572年皇太子接见百官时，他竟利用扶持之便，站在宝座旁边不肯退走。百官向皇太子叩头行礼，也等于向阉人冯保叩头行礼。这种做法充分暴露了他的狼子野心。书中接着说，当著者摈斥冯保的行动尚未具体化之前，冯保抢先下了毒手，和张居正同谋，骗得了皇太后的懿旨，把自己逐出朝廷。著者承认，他当时确实说过皇上只有9岁，但并没有任何不敬的话，而只是说新皇帝年轻，怕为宦官所误，有如正德皇帝14岁登极后的情况一样。张、冯二人却把他的话故意歪曲，以作为诬陷的根据。
  第二，即所谓王大臣的案件。1573年阳历2月20日，也就是万历登极、高拱被逐以后半年，当日清晨有一个人乔装宦官在宫门前为卫士拘留。经讯问，此人供称名王大臣，以前在别人家里充当仆役，现在没有雇主。这种闲杂分子在禁卫森严的宫门口出现而被拘留询问，过去也不止一起地发生过，但这个王大臣究竟目的何在，则始终没有弄清楚。
  《病榻遗言》的作者高拱，坚决声称王大臣来自总兵戚继光的麾下。戚继光当时正在张居正的提拔下飞黄腾达，要是这个莫名其妙的王大臣果如高拱所说，岂不要招来极大的麻烦？经过一番策划，冯保等人定下了反守为攻之计，决定借用王大臣作为把高拱置于死地的工具。于是冯保就将两把精致的短剑放在王大臣衣服内，要他招认是受高拱派遣，前来谋害当今皇帝。如果王大臣的口供得以成立，他可以无罪并得到一大笔报酬。张居正则运动鞫讯此案的文官，要他们迅速结案，以便处死高拱灭口。
  冯、张的计划没有实现。负责审讯的文官不愿参与这项阴谋。王大臣也觉悟到如果供认谋刺皇帝，下场决不能美妙到不仅无罪，而且领赏，于是在东厂主持的初步审讯中翻供，暴露了冯保的教唆和陷害。这时冯保陷入困境，乃以毒药放在酒内，逼令王大臣喝下去，破坏了他的声带。两天之后公开鞫问，由于犯人已经不能言语，无法查出真正的结果。王大臣仍然被判死刑，立时处决，以免牵累这项阴谋的参与者。
  皇帝听到这一故事，距离发生的时候已有10年。他虽不能判断这一切是否全系真实情况，但至少也不会毫无根据。因为他还模糊地记得，10年以前，宦官告诉他有坏人闯进宫内，而且张先生叮嘱皇帝要谨慎地防备这种图谋不轨的报告，还仍在文书档案之内。他满腹狐疑，立即命令有关官员把审讯王大臣的档案送御前查阅。查阅并无结果。因为审讯记录上只写着王大臣胁下藏有短剑两把，别无详情，此案的结果则是王大臣经过审讯后在1573年阳历3月25日处决。这一重案竟如此不了了之，使已经成年的皇帝大为不满。他一度下旨派员彻底追查全案，后来由大学士申时行的劝告而中止。申时行说，事情已经过去10年，除了冯保以外，所有与本案有关的重要人物都已去世，如果再作清查，不仅水落石出的可能性甚少，于事无补，反而会有不少人无端被牵连，引起不安。
  高拱在生前就以权术闻名于朝官之间。这一《病榻遗言》是否出自他的手笔还大可研究。即使确系他的手笔或系他的口述，其中情节的真实性也难于判断。但当日确有许多人坚信书中所述真实不虚，许多证据十分可靠。遗憾的是此书问世之时，差不多所有能够成为见证的人都已离开了尘世。
  此书内容的可靠程度可以另作别论，但至少，它的出版在朝野都产生了极大的影响，成为最后处理张居正一案的强烈催化剂。在这以后，在万历皇帝对张先生回忆之中，连勉强保留下来的一部分敬爱也化为乌有。他发现，他和他的母后曾误信张居正的所作所为是出于保障皇位的忠诚，而现在看来，张居正不过是出于卑鄙的动机而卖友求荣，他纯粹是一个玩弄阴谋与权术的人。
  更加严重的问题还在继续被揭发。有一种说法是张居正生前竟有谋反篡位的野心，总兵戚继光的精锐部队是政变的后盾。持这种说法的人举出两件事实作为根据。其一，一次应天府乡试，试官所出的题目竟是“舜亦以命禹”，就是说皇位属于有德者，应当像舜、禹之间那样，实行禅让。这样居心险恶的题目，对张居正为劝进，对天下为舆论的准备。其二，张居正经常处于佞幸者的包围之中，他们奉承张居正有人主之风，而张居正竟敢含笑不语。对于前者，即使真像旁人所说，过错也并不能直接归于张居正；对于后者，不妨目之为骄奢僭罔，这些都还可以容忍。最使万历感到不可饶恕的是张居正对别人奉承他为当今的伊尹居然安之若素。伊尹是商代的贤相，辅佐成汤取得天下。成汤去世，又辅佐他的孙子太甲。太甲无道，伊尹就废之而自代。经过三年，直到太甲悔过，伊尹才允许他继续做商朝的君主。由于十年来的朝夕相处，万历对张居正毕竟有所了解，他并不相信张居正具有谋逆篡位的野心，然而张居正以师尊和元辅的身分经常对皇帝施加压力，难道不正是当年伊尹的翻版吗？张居正成了伊尹，皇帝自己又岂非无道的太甲？
  对于张居正及其遗属的处理，在1583年夏季以前，万历已经褫夺了张居正三个儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展，但是他仍想适可而止，以全始终。又过了一年，即1584年阳历5月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可逭，因此下决心同意了这一请求。
  张居正死后两年再被抄没家财，在技术上还造成了一些更加复杂的情况。按本朝的习惯，所抄没的家财，应该是张居正死后的全部家财，这两年之内被家属花费、转移的物资钱财必须全部追补，即所谓“追赃”。而应该追补的数字又无法有确切的根据，所以只能根据“情理”的估计。张居正生前毫无俭约的名声，负责“追赃”的官员即使意存袒护，也决不敢把这个数字估计过低。张居正的弟弟和儿子在原籍江陵被拘留，凑缴的各种财物约值白银10万两以上。这个数字远不能符合估计，于是执行“追赃”的官员对张居正的长子张敬修严刑拷打。张敬修供称，确实还有白银30万两寄存在各处，但招供的当晚他即自缢身死，几天之后，张家的一个仆人也继而自杀。
  抄没后的财物110台被抬进宫门，其中包括御笔四纸，也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为忠臣的大字。财物中并役有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应，全都不见于史书的记载。当日唯一可能阻止这一抄家措施的人是慈圣太后，但是她并没有这样做，也许她正在为她父亲武清侯李伟的去世伤悼不已而无心置问。李伟死后被封为国公，并允许长子袭爵。要是张居正还在，这种本朝未所有的殊荣旷典是决不可能被授予的，他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点，慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。
  在抄家之后，有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地1000亩作为赡养，一面又指责了这两个呈请者。大学士申时行遭到了温和的申诫，刑部尚书潘季驯则由于夸大张氏家人的惨状而被革职为民。
  事态既然发展到这一地步，万历已经无法后退。对这两年的一切措施，也有必要向天下臣民作出交代。要说张居正谋逆篡位，一则缺乏证据，二则对皇室也并无裨益，所以，在抄家4个月之后，即1584年阳历9月，才正式宣布了总结性的罪状：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，籍制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，本当剖棺戮尸，仅仅因为他多年效劳，姑且加恩宽免。他的弟弟和两个儿子被送到烟瘴地面充军。
  元辅张居正死后被清算，大伴冯保被驱逐出京，皇帝至此已经实际掌握了政府的大权。但是不久以后，他就会发觉他摆脱了张、冯之后所得到的自主之权仍然受到种种约束，即使贵为天子，也不过是一种制度所需要产物。他逐渐明白，倒掉张居正，真正的受益者并不是他自己。在倒张的人物中可以分为两类。一类人物强硬而坚决，同时又顽固而拘泥。张居正的案件一经结束，他们立即把攻击的目标转向皇帝。在劝谏的名义下，他们批评皇帝奢侈懒惰，个人享乐至上，宠爱德妃郑氏而冷落恭妃王氏，如此等等。总而言之，他们要把他强迫纳入他们所设置的规范，而不让他的个性自由发展。另一类人物则干脆是为了争权夺利。他们利用道德上的辞藻作为装饰，声称只有他们才能具有如此的眼光及力量来暴露张冯集团的本质。而张冯被劾之后在朝廷上空出来的大批职务，他们就当仁不让，安排亲友。
  现在到了1587年，万历皇帝还只有24岁，但登上天子的宝座却已经15年了。对他来说，这15年似乎显得特别漫长，因为有许多重复的事件和不变的礼仪要他去应付，即使是一年以前，他的爱妃郑氏生下皇子常洵，也并不能给他多少安慰。接近他的人可以看出，皇帝陛下正在越来越感到生活的单调和疲劳。上一年，他主持殿试，试题的内容是“无为而治”，他对生活的厌倦已经越出了内心世界而要开始见诸行动了。
  然而万历陛下的一朝，是本朝历时最长的一朝。此后还有很多的事情要在他当政的年代里发生，1587年不过刚刚是一个契机。这一年阳历7月，正当元辅张居正先生去世5周年，皇帝端坐深宫，往事又重新在心头涌现。他降谕工部，要工部如实查报，张居正在京内的住宅没收归官以后作何区处：是卖掉了，还是租给别人了？如果租给别人，又是租给谁了？工部的答复没有见于记录。大约史官认为记载了这道上谕，已经可以表明皇帝当时微妙复杂的思绪，至于房屋或卖或租，对国家大事则无关紧要，就不必琐碎饤饾地加以记录了。
  第二章　　　首辅申时行
  每当大学士申时行走到文华殿附近，他就自然而然的感到一种沉重的负担。这是一种道德观念的负担。
  文华殿坐落紫禁城东部，皇帝在此就读。1574年，万历髫龄10岁的时候，他就能挥笔写作径尺大字。写下了“责难陈善”四个字当场赐给申先生，意思是希望他的老师能规劝他的过失，提出有益的建议。这四个字的含义是这样深邃，书法的笔力也很劲拔，申时行接受这样的赏赐不能不感到极大的荣幸。13年之后，申时行所深感不安的乃是他所尽的心力，并没有达到预期的效果。一个“万历之治”的灿烂理想，也许至今已成泡影。
  申时行不是皇帝五个蒙师之一，但他所担任的功课最多，任课时间也至久。现在身为首辅，他仍然担负着规划皇帝就读和经筵的责任。因之皇帝总是称他为“先生”而不称为“卿”，而且很少有哪一个月忘记了对申先生钦赐礼物。这些礼物有时没有什么经济价值，而纯系出于关怀，诸如鲤鱼二尾，枇杷一篮，折扇一把，菖蒲数支之类；但有些礼物则含有金钱报酬的意义，例如白银数十两，彩缎若干匹。不论属于哪一类，这都足以视为至高的荣誉，史官也必郑重其事，载于史册。
  得任为皇帝的老师是一种难得的际遇，也是“位极人臣”的一个重要阶梯。固然并不是既为老师就可以获得最高的职位，但最高的职位却经常在老师中选任。在皇帝经筵上值讲，必然是因为在政治、学术、道德诸方面有出类拔萃的表现。值讲者即使还不是卓有成就的实行者，至少也是众所推服、彻底了解国事的思想家。
  根据传统习惯，皇帝为皇太子时即应就读，受傅于翰林院诸学士，称为东宫出阁讲学。登极之后，除继续就读而外，他还要出席另一种形式的讲学，即所谓经筵。经筵于春秋两季气候温和之时举行，每月三次。每次经筵，所有六部尚书、左右都御史、内阁大学士和有爵位的朝臣勋戚都要一体参加，还有给事中，御史多人也在听讲的行列中出现。