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  漫长的战斗岁月里，游击小队先后遇到了两位以人类形式出现的因维族女性。斯科特与玛琳、兰瑟与希拉的爱情使因维女王瑞吉斯深感人类情感与文明对她族人的威胁，而日益枯竭的史前能量以及陆续回航的远征军，都使她感到地球不再是适宜种族进化的久留之地。
  第三次宇宙大战的结局，再次以人类的胜利而告终，因维人在瑞吉斯的带领下，向茫茫宇宙的深处飞去，少数人则留下来，积极地融入了人类社会中。人类与外星人成功的结合再次证实了贯穿系列的主题：“爱能战胜一切”。
  千千万万的幸存者从废墟中站起来，重新建造新的家园。太空堡垒时代的历史到此告一段落。也许在今后的日子里，人类还将面临更大的挑战，也许终有一天，人类文明也会步向终结，但只要还有美丽的歌声，只要还有爱，这个宇宙就永远不会寂寞。
  在移民船团回航的途中，太空堡垒III号失踪了，没人知道它去向了茫茫宇宙的哪一个角落……
  太空堡垒暗影编年
  2044年，和因维德人的战争结果出乎人们意料，地球上的人类最终获得了解放。太空堡垒远征军也开始搜寻瑞克。卡特上将和他失踪的舰队。然而，另一个新的敌对势力神秘地显现，考验着远征军所用的暗影技术的极限。。。。。。。。。。。。。。。。。。
  电影的开场画面是整个太阳系，然后镜头从冥王星开始一直到那个蓝色的星球…我们的地球结束。时间显示公元2044年。
  故事从两个年轻的飞行员开始。马库斯·拉什上尉和他的僚机阿历克斯·罗梅洛上尉在例行侦察任务。映入马库斯眼帘的是一片又一片的残骸，这让马库斯感到非常难过。他回忆起了早年他的姐姐玛琳和未婚夫斯科特随同第21火星师离开了基地去解放地球，但迎接他们的只是死亡。随后，两人避免了与因维德侦察机的相遇（这得感谢他们的暗影战斗机），回到了月球基地阿鲁斯。
  在阿鲁斯基地，莱因哈特亲自给远征军战士们讲解进攻反射点的方案。莱因哈特表示，如果万不得已，我们只能用中子S导弹来结束这场战争。随后，莱因哈特将军和文斯·格兰特上校谈论卡特上将还没有到达基地的事情。随后从SDF3号那里传来了瑞克的信号。满头银发的瑞克，还有那个难看的大伤疤。莱因哈特和文斯问瑞克为什么还没有到达基地。瑞克让他们不要推迟进攻，当他结束在奥密克戎区的中子弹测试后就回来加入战斗。正说着说着，突然有一声巨响从瑞克那里传来，瑞克的信号就此中断。文斯要求带着伊卡鲁斯号前去营救，莱因哈特同意了文斯的请求，并且叮嘱文斯除了伊卡鲁斯号，不要告诉其他任何人这件事。
  战斗终于要开始了，马库斯和阿历克斯在升降机内遇到了其他中队的战友。他们看到了一位非常迷人的女孩子，马库斯非常喜欢她。阿历克斯怂恿马库斯前去搭讪。马库斯感到很不好意思，糊里糊涂地说自己非常喜欢她肩上的骷髅中队标志。女孩子说自己是骷髅中队的队长，叫玛娅·斯特林。骷髅中队全体哈哈大笑，这更让马库斯觉得很没面子。
  马库斯和阿历克斯隶属于达瑞尔·泰勒中校的狼中队。一场恶战在两个种族之间展开，一批又一批年轻的生命向他们从未见过的家乡冲去，但迎接他们的只有黑暗与死亡。泰勒中校的座机被因维德人刺中，不幸遇难。马库斯险些丧命，被玛娅所救。两个年轻人互相打了个友好的手势。
  与此同时，在SDF4号上的莱因哈特对地面部队还没有打通前往反射点的道路极为愤怒与焦急。斯派克司突然收到了来自斯科特的信号。斯科特告诉莱茵哈特他们需要更多的支援。莱因哈特要求斯科特坚持抵抗，随后增派了更多的暗影战斗机。
  斯科特在树丛里突然发现了爱丽尔。两人进行了简单的交谈。爱丽尔准备去找她的母后瑞吉斯，劝瑞吉斯离开地球。爱丽尔与瑞吉斯进行了一番交谈，他们谈到了机器人统治者带来的阴影以及暗影之子等等。瑞吉斯看到中子S导弹正向因维德蜂房冲来，认为人类无比的邪恶。这促使瑞吉斯决定离开地球，并且为了她的女儿爱丽尔，瑞吉斯消灭了所有的中子弹拯救了人类，因为爱丽尔爱上了斯科特。瑞吉斯带领着种族离开了地球，摧毁了所有的导弹。
  在宇宙的另一边，文斯率领着伊卡鲁斯号抵达了奥密克戎区，却被吸入了黑洞中。我们的小路易、帅路易终于出场了。路易现在的身份是伊卡鲁斯号的首席科学家，他设计了一个作战方案使他们平安地逃脱了黑洞。文斯终于联系上了瑞克和SDF3，瑞克告诉文斯要他们快回地球转告莱因哈特不要使用中子S导弹。文斯决定在营救完　SDF3号和科考船丢卡利温号后再返回地球。当文斯开始营救时，却遭到了不明敌人的进攻，无奈之下，文斯留下了SDF3号带着丢卡利温号返回了地球。
  在反射点大战结束后，伊卡路斯号和丢卡利温号返回了地球空间。他们被一艘不明敌机跟踪，但敌机被斯科特击毁。斯科特在大战之后从地球回到了阿鲁斯基地。斯科特与马库斯重聚，喝酒聊天。这时爱丽尔出现了提醒斯科特要当心暗影之子。马库斯非常愤怒，责问斯科特为什么要带杀害她姐姐的外星人来。一场小冲突在两个人之间爆发。
  文斯派路易和玛娅察看科考船丢卡利温号。船上所有的人都死了，但他们意外地发现了机器人贾妮斯。贾妮斯的体内隐藏着海顿人的技术。路易和贾尼斯很快成为了好朋友。
  斯科特和爱丽尔两人设法让文斯相信海顿人会惹麻烦。莱因哈特派文斯和伊卡鲁斯号去自由号空间站察看剩余舰队的情况，随同前往的还有斯科特、爱丽尔和骷髅中队。
  在遥远的自由号空间站上，远征军遭到了海顿人的袭击。此时，海顿人正在回复先知爱威尼斯的询问。海顿人使远征军的暗影隐蔽器失灵并且发生了爆炸。文斯告诉每个人放弃使用暗影技术。阿历克斯在与海顿人的战斗中不幸牺牲。伊卡鲁斯号停靠在自由号空间站上。文斯想到了一个对策，决定使用一枚中子S导弹来摧毁海顿人的舰队。他命令自由号空间站完全撤离，全体舰队进入大天使级殖民舰。自由号空间站和远征军舰队，在爱丽尔远程传送的帮助下成功地撤离到了大天使号。斯科特和文斯，驾驶着旋风车在自由号空间站里安装中子S导弹的计时器。大天使号执行空间折叠回到了地球。自由号空间站和海顿舰队在中子弹的爆炸中灰飞烟灭。
  最后，镜头回到了月球空间，莱因哈特和文斯断定海顿人就是新的敌人。莱因哈特命令文斯继续营救卡特上将和SDF3。玛娅和马库斯，路易和贾尼斯成了新的拍档。
  新的故事才刚刚开始。
  哨　兵
  The　Sentinels
  2020年，远征军旗舰太空堡垒III号（SDF…3）完工，预示着旨在远赴外太空与机器人统治者（The　Robotech　Masters）争取和谈的“先锋”行动即将开始。然而此时地球两大武装——以瑞克·卡特为首的远征军（Robotech　Expeditionary　Force）和以埃利·莱纳德为首的南十字军（Southern　Cross）之间却暗潮涌动。
  已升任上将的瑞克·卡特在指挥事宜之外同时致力于指导训练新一代飞行员，在他的关注下，杰克·贝克、卡琳·本等年轻战士迅速成长。远征军的出征已日益临近，但军官爱德华不怀好意的倾轧，却给瑞克带来了诸多烦恼。与此同时，明美赶回来准备参加瑞克和丽沙的婚礼，对此丽沙十分高兴。
  人类一直关注着机器人统治者的母星泰洛（Tirol），因为这是远征军此行的目的地，然而他们却没想到此时三个机器人统治者已带领大部队离开母星，正在前往地球的途中。兵力空虚的泰洛很快被前来寻找生命之花的因维（Invid）之王瑞金特军队攻占。滞留在泰洛的最后一个机器人统治者恰贝尔和他的学生雷被迫逃离首都。泰洛平民死伤惨重，瑞金特未能找到生命之花，于是在泰洛星上大肆屠杀。
  瑞克和丽沙的婚礼在轨道兵工厂的礼堂里隆重举行，明美掩饰住心中的忧伤，与新搭档贾尼斯一起登台演唱。婚礼的最后，明美接到了丽沙向她抛来的花束。望着幸福远去的新婚夫妇，她意识到自己和瑞克的故事已彻底成为往事。
  因维女王瑞吉斯与性情暴虐的丈夫长期不和，在泰洛星上两人更是互相指责。不满丈夫所为的瑞吉斯独自回到奥普特拉星球，继续进行起源坑中的进化实验。在生命之花踪迹难寻的情况下，她决定放弃进攻泰洛领地，转而追踪太空堡垒I号。她和她的子民从此开始了夺回因维生命之花的漫长征途。
  未说的故事
  The　Untold　Story
  2027　年，机器人统治者（The　Robotech　Masters）来到地球，酝酿夺回宝贵的史前能量母体——这种谜一样的能量可以提供整个文明世界的动力。但是就在地球外太空驻扎的机器人统治者此时发现这个目的不那么容易实现，于是他们首先寻找自己所失去的太空堡垒I号上的计算机主机。统治者们派出生化战士，要求活捉地球政府的要员。他们抓住安德鲁上校和其他一些人，带回母舰。在那里安德鲁的一个克隆被制造，而真正的上校被处死。南十字军发起了徒劳的进攻，损失惨重。冒牌安德鲁获得了太空堡垒I号的计算机主机——夏娃（EVE）的控制权。他作了一个将夏娃的资料传送给一个废弃卫星的“热身运动”，事实上，这个卫星已经被机器人统治者控制。外星人开始截获情报。
  马克·兰迪是一名机师，他的朋友托德·哈里斯是一个ATACS的战士，约马克当晚见面。马克见到托德时诧异地注意到他身边的新摩托车。托德说这辆车是最后一辆MODAT（行动数据库终端），可以通过它来连接夏娃。他还说必须保卫这车，政府有部分人和外星人合作。他们的约会被突然出现的特工打断。托德逼迫马克上MODAT车。两个人分头逃亡，托德被害，马克却还不知道。马克把车带回家，他的朋友修好了车，漆成红色。第二天马克带他的女友贝姬参加一个音乐电视的试听，路上贝姬应马克的要求去看一些朋友拍电影。他们给马克和他的车拍了片，中途被著名歌星夏娃的电视转播打断。政府很快找到了马克，派出一队杀手，马克打败了他们，直接抵达电视台，发现夏娃是一台化身为著名歌星的人形电脑。夏娃指示马克前去位于地下的太空堡垒研究院。他们的交流被截获情报的政府军打断，安德鲁和马克碰面了，一番打斗后假上校欺骗了马克，马克愤然离去。
  南十字军利用夏娃组织一次进攻，但他们并不知道外星人已获悉他们的行动。假上校杀死了贝姬的朋友——拍电影的凯里。安布雷博士是太空堡垒研究所的负责人，他切断了夏娃和卫星的联系，假上校重新连接两者。博士要去阿拉斯加手工切断联系，马克决定为凯里报仇，再次来到了研究所。经过激烈搏斗马克终于击毙安德鲁，救了博士一命。最终南十字军找出了敌舰的弱点，摧毁了他们的母舰。机器人统治者开始撤退，地球获得了短暂的和平。
  资料来源于——太空堡垒中国联盟