“作为一个自由国家，”他说，“我们在恐怖、暗杀、作出假的承诺、伪装暴徒和制造危机策略方面无法同我们的对手较量。”但是我们在争取发展中国家农村居民的支持时所需要用的政治和经济的策略方面，则能够同他们较量，我们能够用共产党自己的反帝反殖口号去反对共产党人，并把在今后五年、十年或十五年中统治这些国家的年轻人争取到一国的独立事业中来。在泰勒、默罗和司法部长的协助下，肯尼迪成立了一个新的冷战战略委员会来发展这些策略。他下令使我们的反游击部队接受文职人员的许多技能的训练，并下令派遣数以万计的文职人员去接受反暴动的课程。我们在拉丁美洲发起了一个城市行动计划，为的是训练当地军队架桥、从事农村卫生工作和防止城市骚动。
  然而，同共产党游击队和暴徒作斗争所需要的特殊军事职责，却落在五角大楼的肩上——而且这个职责确实是“搁置”在那儿。有好多年，这个问题在轻重缓急的次序上处于次要的地位，尽管第二次世界大战以来这个问题在希腊、马来西亚、缅甸、菲律宾、老挝、越南、古巴和中国都广泛存在。这是西方武装部队中最薄弱的环节。美国陆军中的特种部队仅仅由一千八百余人组成，而且是为了在东欧的一场大战中采取一种截然不同的行动而进行准备的。他们的装备全过时了而且很不足，从第二次世界大战以来就没有更新过。
  比经费问题甚至更要紧的是，整个反游击活动需要领导有方和灵活善变。肯尼迪总统远比他的任何一位将领，甚至远比麦克纳马拉更多地提供了这种领导。他发觉陆军战地手册上没有多少可学的，于是阅读了赤色中国的毛泽东和古巴的切·格瓦拉写的关于游击战的经典著作，并要求有关的军事人员也这样做。他并不依赖美国的游击队去打赢国外战争，因为他知道游击队所依靠的是当地的农村，而且主要必须靠当地的农民作战。但是，肯尼迪认为，美国能够为这一新型的而又古老的作战方式有效地提供训练、武器和领导。
  起先，陆军的高级将领全持怀疑的态度，即便不是不高兴的话，因为他们惯于为战斗部署过于庞大的集团军和作战师，而不宜于应付这些微不足道的骚乱。肯尼迪却支持这支部队。马克斯韦尔·泰勒也支持他们。不久，在加利福尼亚北部布雷格港进行训练的特种部队在规模、技术和士气方面都发展得很快，逐步取得了较好的训练和较好的装备。后来，各军种都想表明他们在这方面正进行着多少努力。空军提出一项“农村门口作战”计划，用新编的突击队式的“詹姆丛林”部队为丛林战提供空中支持。海军增加了两栖和水底破坏小组，并建立了一支越南人的渔船队，去骚扰越共的补给线。受过游击战训练的海军陆战队的人数，增加了一万五千。驻在外国的军事顾问、教练和武官高速度地接受了驻在国语言的训练。军事学院和陆军大学都增设了游击战和反暴乱训练的课程。
  但是总统感到自豪的仍然是陆军的特种部队。这支部队迅速地增加到他就职时人数的五、六倍，虽然无论从总人数或从需要来看，他们仍然是很少的。总统再次不顾高级将领们的反对，指示说，特种部队应戴绿色的贝雷帽作为与其他兵种有所区别的标志。他希望他们成为一支勇于献身、素质优良、由专门人员组成的精锐部队，他们接受训练，以便在游击战中训练当地农民，他们准备执行广泛的文职人员的和军事方面的任务，能够在离丛林不远的村庄或敌人后方生活。他亲自监督挑选新的装备——例如，用轻便靴代替笨重的、走起来很响的作战长统靴，而当轻便靴证明容易被竹签戳坏后，就在鞋的里层装上有弹性的钢鞋底以增加牢度。他下令提供更多的直升飞机、携带较为轻便的地面电台，以及供比较矮小的越南人使用的短小、轻便、后座力小的步枪，而这种枪仍然具备丛林战所需要的各种射程。
  后来，尽管许多陆军高级将领继续反对，新的反游击战部队却证明是肯尼迪作出的最重要的军事贡献之一。在南越，他们帮助接生，抹去足迹，挖井，防止伏击，提高土气并组成有效的反共地带。“这些人的好处，你说也说不尽，”在肯尼迫发动这项计划四年之后，一个观察这场战争的人从战场上回国来报道说，“不幸，在越南……绿色贝雷帽的战士很不够。”更多的贝雷帽战士还在开赴越南的途中。但是那一年，有一个不在越南的绿色贝雷帽战士却在阿林顿公墓一片荣誉墓地上安息了。