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  以密教而言，分四部：事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部。一般瑜伽部以下认为，毗钵舍那是修观，但是宗大师说，无上瑜伽部是修止观。修无上瑜伽（深明不二智慧、空乐不二智慧），在深明不二智慧，或缘空三摩地时，唯有止观。但是显教及密宗瑜伽部以下认为，毗钵舍那属于修观。
  于彼最初，一时，瑜伽师问：「其以安乐，迅速成办，奢摩他及毗钵舍那，当渐依奢摩他及毗钵舍那资粮。彼中，何为奢摩他资粮？」谓住随顺处、少欲、知足、尽断锗杂务、尸罗清净、尽断贪等妄念。
  奢摩他和毗钵舍那需要双运，但是此二者的修行次第，首先是要证得奢摩他。而且奢摩他和毗钵舍那，是因缘和合而产生，因此因缘要齐全。住在不喧哗、安静的地方，个人要少欲、知足。所谓不满足，是有了还想要，断除不满足就是知足。
  彼中，当知随顺处，是具五功德者，谓无劬劳能得衣食等故易得；人不凶恶，未住怨敌等故处所善；无病之地故地良善，友伴具戒见同故友伴善；日间无众多人故，又夜静声寂故具足善。
  若问：何为少欲？谓无增上贪著众多、上好法衣等。若问：何为知足？谓仅得粗陋法衣等，常能知足。若问：何为尽断诸杂务？谓尽断买卖等恶事、与在家出家众太亲近、行医、星算等。若问：何为尸罗清净？谓于二戒，不违越其自性及遮制罪学处。放逸彼时，速速追悔，如法而行。
  「二戒」，因为是大乘经典，所以指别解脱戒，以及菩萨戒。何谓「不违越其自性」呢？罪行分两种：一、无论有无受戒，只要造作恶行，就是造业。二、唯有受戒者才有的罪。由于放逸而破戒时，应速速追悔，马上以四力作忏悔。
  有谓声闻戒中，他胜罪不准还净，然若彼亦具追海心，并具尔后不再犯之心，分别观察以何心造彼业，彼心无自性故，修一切法无自性故，当说其戒，唯是清净。由圣者未生怨之追悔清净，而当了知。是故，当精勤修无彼追悔者。
  罪业本身是无自性，善业也是无自性，造业者也是无自性；以如此方式思维，是相当强而有力的忏悔。
  作意贪等，其此世、俊世众过患，断寻思彼等。同样，轮回实事不论可爱或不可爱皆是，彼等一切，皆是坏灭法，毫不坚固。彼等一切，必然无长耽搁，终将舆我分离，我又何以于彼增上贪著等。思维而修故，断除一切寻思。
  以贪而言，无论今生、后世、生生世世，部会受到伤害。此处主要指，贪今生的五欲，会使你的心散乱于世间的五欲中，对于修禅定是很大的障碍。不仅如此，还会破坏今生、后世……水久的一切利益。轮回等世间法，都是坏灭法。
  「彼等一切………断除一切寻思。」是属于奢摩他的部份。
  若问：何为毗钵舍那资粮？谓依圣士夫、遍寻多闻、如理思维。若问：于彼，当依何圣士夫？谓多闻、词明、具悲心、忍厌倦者。
  圣土夫是具足多闻、词明、具悲心、忍厌倦者。「多闻」，学习大小乘教法，精通教理、遍寻多闻、如理思维。「词明」，善巧引导。「其悲心」，具有大悲心。因有大悲心，所以善巧地引导。「忍厌倦者」，已精通一切学识时，不可随己欲，想说法才说。
  「若问：于彼，何为遍寻多闻？谓凡薄伽梵所宣之十二部契经，了义或不了义者，恭敬谛听。似此，《圣解深密经》告云：「随欲不闻圣者语，是毗钵舍那障。」
  大乘认为佛陀所讲的经，分了义和不了义两种。但是小乘认为佛所说的经，一定是了义经。何谓不了义经？佛陀因为某些因缘、某种目的，善巧地引导众生，称为不了义经。唯识认为，能以词义安立的经典，就是了义经，不能以词义安立的经典，就是不了义经。但是中观认为，了义是空性之意，不了义是指世俗谛。因此讲空性道理的经典，就是了义经，讲世俗的经典，就是不了义经。局何世俗是不了义、空性是了义？世俗所见是一种假相，不包括本身究竟性质的涵意，实际上的性质，并非如眼识所看到的世俗相，因此是不了义。真正具足事物本身性质和涵意的，唯有空性。空性不是眼识所看得到的，它是属于胜义，是事物的究竟性质，所以称为了义。因此「所宣」，分为了义和不了义。同样地，「能宣」的经典，也分为了义经和不了义经。所宣空性了义的经典，称为了义经；所宣世俗不了义的经典，称为不了义经。「修次中篇」主要诠释中观，因此以中观的定义为准则。
  彼经云：「毗钵舍那，是由闻思所成之清净见因出生。」《圣无爱子请问经》告云：「具闻生智慧，具慧息烦恼。」
  在此毗钵舍那，是指证空现量的毗钵舍那，是由闻思空性，所成之清净见因而出生。
  若问：何为如理思维？谓凡了义经藏，或不了义经藏等，当善抉择。如是，菩萨若无碍，于所修者，将得专一决定解。若非如是，则如乘车抵岔路口人，于疑处，不得专一决定解。
  首先听闻，背诵科判，不一定全部背，但主要的科判要记住，才能了解大致上的架构。之后学习，先了解修行的大纲、重点，才会生起信心，也比较容易学习。为能了解佛法精髓，依止上师很重要。尚未依止前，先观察上师，是否精通教理？是否能讲出完整的佛法内涵？假使上师不精通佛法，你跟著学，也是不会有成果的。因此学习经典，要努力精进，免得老大徒伤悲，后悔不已！现在有机会学习，应该紧紧把握！因为闻、思非常的重要。
  瑜伽师于一切时中，断鱼肉等，非不相顺，当定量而食。似此，菩萨积聚所有奢摩他与毗钵舍那资粮，当以彼入修。
  「断鱼肉等」，不只是鱼的肉断，其他的肉不断。而是断不净食，不只一般肉类，最好连洋葱、大蒜、蛋、酒、茶之类都要尽除。外国人最怕胖，却大饮大食，像我们藏人定量而食，刚好够营养。有些人认为过午不食，是为了减肥，其实非也。在达兰沙拉的宫里，有位管理佛相的人，曾经跟我说，早上多吃一点，因为早上会不会起来？是—个问题。中午会到哪里去？是否有饭吃？是一个问题，所以中午多吃一点。晚上睡觉会不会醒来？是一个问题，所以晚上多吃一点。
  彼中，瑜伽师正修时，最初，为圆满诸所有事，行大小便已，于无声询荆棘意处，作意思维：「我当安置一切有情于菩提心要。」且以欲现前拔济所有众生之思，令大悲心现行。五体投地，顶礼安位十方一切佛菩萨众已，于面前，盛设佛菩萨之画像等，或余者亦可。
  「五体」，头、两手掌、两膝盖。「五体投地」，不一定是大礼拜，跪拜也是手掌、额头、膝盖都会碰到。大礼拜最整个人趴在地上，能伸多长就伸，行大礼拜时，不能睡觉，想睡觉，站起来再睡。睡觉不是大礼拜。跪拜时，额头一定要碰地，假使不方便礼拜时，可以用合掌，以恭敬的手势，也是礼拜之一。当然手掌一定要碰地，除非残废或特殊情况。至于合掌的方式，两个大姆指一定要往内，大姆指代表法宝、法身，外形像如意宝，代表色身。以密教而言，有不共的象徵，因此合掌时，一定要做这样的手势。礼拜时，合掌先在额头，之后在下巴，胸部；或者先在顶部，之后额头、下巴、胸部。有许多的解释方式，圆满的礼拜，姿势要特别注意，比较恭敬。
  礼拜的对象，最好是如来像，也可以用观想作礼拜。至于佛像，不能以分别心与差别心去对待；不可依「像」的历史年代、质料粗细等，分别对待。此乃错误观念。假使没有佛像，「或余者亦可」。亦可摆一颗石头当佛像，作礼拜。当年密勒日巴修行的地方，没有任何的佛像，他本身衣服也很破烂，但是却可以即身成佛，最主要以意乐及思维，观想而证悟的。一般肮脏的地方，或肮脏的墙壁，不要贴佛相，应该选择庄严乾净的场所；或则贴上又撕下，撕破了，这些行为对佛相是不恭敬的。
  于彼等，尽力供献、赞颂、忏悔己罪、随喜所有众生善行。于极柔软舒适垫上，双足结至尊毗卢遮那佛之全跏趺，或半跏趺亦可。眼勿太张，亦勿太闭，垂注鼻端。身勿太弯，亦勿太仰，端身笔直，当内住正念而坐。
  次，双肩平衡，头勿太低太高，且勿偏下方。从鼻至脐，端直而住。齿唇自然而住，舌抵上牙龈，气息内外游走，勿令出声，或粗猛或不调。务必令出息、入息无感觉，徐徐任运而转。当如是作。
  于彼最初，当暂修习奢摩他。止息散逸外境已，持续缘于内，自然运转，安住具足喜悦轻安之心性，即所谓奢摩他。
  学定时，如果座垫柔软舒适，可以坐得较久，而且不会有身体上的障碍，比较容易学。金刚跏趺座即全跏趺，就是双盘。至于半跏趺即单盘。有些人修定或者修行时，一定要闭上眼睛，其实不一定。刚开始，完全地闭上眼睛，看起来好像在修定，内心较会有感受，但是慢慢会散乱。最好的方式是不要太张，也不要太闭，垂注鼻端。假使内心一直安住于所缘境，慢慢地把注意力全摆在心上，虽然开始时会看到东西，但是不会受到外境的干扰。倘若完全闭上眼睛，一方面容易睡眠，另一方面容易散乱。当然有些修持，可能会看前方或者看天空。但是以一般而言，应是「眼勿太张，亦勿太闭，垂注鼻端。」我们也开玩笑的说，外国人的鼻子又高又长，不如中国人扁鼻子。比较容易修行。
  「身勿太弯，亦勿太仰，端身笔直」，抬头挺胸，肩膀平衡，最好鼻端与肚脐垂直。手势为手心向上，左手在下，右手在上，两个大姆指轻轻相挂（结手印、三昧印），主要看自己方便，放下亦可，但是大姆指一定要相抵触。牙齿和舌头自然轻放，吉尖轻微抵上颚。「当内住正念而坐」。若无法端身笔直，脚放轻松亦可，最主要专注于所缘境，远离外物散乱的心，或者远离内心散乱称为「安」。「安住」即安住于所缘境，亦即「止」，就是奢摩他。
  缘彼奢摩他时，任何伺察真实，即为毗钵舍那。如《圣宝云经》所云：「奢摩他乃心一境性，毗钵舍那乃正分别寻思。」
  当奢摩他缘境时，任运伺察事物的究竟性质的智慧，就是毗钵舍那。当奢摩他缘空性时，不完全依「止」安住所缘境，必须再加以修「观」辨别空性。因此奢摩他与毗钵舍那，并非由所缘境为差别，而是依作用，奢摩他的作用，是安住于所缘境，毗钵舍那的作用，是辨别所缘境的性质。
  前面提过「修」是串习、薰习，「修」之前应先了解对象，再长期串习，才会有所进展。如果不了解无常的性质，而去观想无常，对无常不可能透彻明了的。如果失了解，无常具有刹那、刹那幻灭的性质，不是无法改变的常法。内心对无常，有决定性的了解，再以奢摩他。安住于无常，此著摩他，才是有把握的奢摩他。假使对无常的性质模糊，再次的辨别观察，务必使自己内心甚深理解、决定的把握，再以奢摩他安住于无常。假如内心疲累了，再次以智慧辨别无常的性质，如此不断串习，「止」修「观」修互运双修。修行不只是「止」修、努力打坐，虽然有时需要靠禅定的力量，但是「观」修也非常重要。修无常、修空性，属于内心意识与缘外境事物（无常）修。而修菩提心、慈心、悲心、虔诚心、信心，是让意识变成慈悲心等，是从心续当中生起；不是先认识外境，属于另—种修行方式。
  奢摩他与毗钵舍那，左修持上有差别，奢摩他是以收摄，毗钵舍那是以观察作修持。
  《圣解深密经》云：世尊！云何遍求奢摩他，善巧毗钵舍那？佛告曰：慈氏！如我所说，法假安立。契经、应颂、记别、讽诵、自说、因缘、譬喻、本事、本生、方广、希法、论议，凡为菩萨众所说，彼等菩萨当谛听、善受、熟读、意善寻思、观见，极通达已，彼独处宁静，内正安住，如善思法，于彼等作意。以何心作意之彼思，持续作意思维。如是而行，多次安住，于彼起身轻安，或心轻安，彼即名奢摩他。如是，即菩萨遍求奢摩他。以彼，身得轻安，或心轻安已，安住于彼，断除心涣散，如所思法，于彼等性中，分别寻思、胜解三摩?