安全。运河沿线的运输虽然有法军的武装护送，仍不断遭到贝都因军从陆上和水上的袭击，十分危险。而且，阿拉伯人四处毁坏堤坝使得卡弗雷里将军率领的法国工兵穷于应付。马尔蒙是个很有能力而且精力旺盛的年轻军官，拿破仑曾经对他面授机宜（他对拿破仑的忠心仍然一如既往）道：“你要将情况尽量详细地写给我……让我知道英国人的情况和我们的舰队在阿布基尔湾海战中表现情况的一切细节。”
  同时，拿破仑向督政府提交了一份关于纳尔逊击败法国舰队的个人报告，报告中几乎没有提到这场灾难本身，却称法国人在这场战役中受伤的有“800人”（在亚历山大的正式报告中已经列出的是1；700人），并称他尚不知道在这场战役中法军牺牲者的人数，“但我估计人数相当多”（虽然已经发现了1；200具法军尸体）。他赞扬海军少将维尔纳夫率领两艘军舰和两艘三桅快帆船逃离，以及“勇敢的”托阿尔斯（Thouars）和卡扎比昂卡（Casabianca）舰长“在炮火中平静而勇敢的死去”；但却通过赞扬冈托姆大力贬低布吕埃斯，声称前者曾经“反对布吕埃斯的战术”。尽管如此，拿破仑无法否认这场海战的结果所造成的事实——他要求督政府“集中在土伦、马耳他、安科纳（Ancona）和科孚的一切战舰组建一支新的舰队”并满载军需物资和生力军立即赶赴埃及——这就说明了一切。
  第九章　失败的阴影（5）
  为了稳定前线的军心，两天后，拿破仑给克莱贝尔将军写了封信，说：“我的健康状况比任何时候都好，这个国家已经开始顺从于我们的规则……由于我们对军队所采取的适当措施以及我们建造的防御工事，我们的处境每个月（他们到埃及才不到两个月）、每一天都在好转。”他最后写道：“向你致敬并热情拥抱你。”
  这是作为亚历山大总督的克莱贝尔最后一次受到拿破仑的“热情拥抱”。随即在两人之间便发生了一系列关于棘手问题的通信。“英国人不允许我们离开或进入港口；商业来往停滞，海关完全形同虚设。”克莱贝尔告诉拿破仑，并道出了关键的问题：缺钱。根据拿破仑的原则，占领军的费用，比如征服亚历山大的占领军的费用，应该由被征服者掏钱。由于严密的封锁，一切财源都被切断。现在，英国人又有意增加法军给养方面的困难，将法国战俘都遣送上岸归队，他们需要营房、衣服，要吃饭。而且，法国海军目前接受海军少将冈托姆的指挥，拒绝接受克莱贝尔的命令。克莱贝尔描述他们是如此的粗鲁、不守纪律并骄傲自大——“他们习惯于过无序的生活，他们是一些惯于作恶的人”，他将法国海军比喻成是一具“腐败发臭的死尸”。此外，克莱贝尔告知拿破仑他们的军费已经告罄：“我们发现自己处于最可悲的、一贫如洗的境地。”然而，他仍然要负担陆军和海军的费用以及修筑工事和疏通河道的费用。“将军，如果您认为我们提出我们的问题和处境是我们软弱无能的表现，那就太不公平了。”克莱贝尔说，“至于我自己……你可以完全信赖我，在任何情况下都会全力支持你并服从你的一切命令。”拿破仑立即为他从当地富商那里“贷款”50万法郎。克莱贝尔十分惊愕。由于亚历山大缺乏食物、药品、钱粮和设施，他不得不将1；000名伤员转移到位于罗塞塔的梅努将军处，结果遭到梅努的拒绝，因为梅努的财经状况也是捉襟见肘。为此，克莱贝尔叹息道：“只有运气和我们国民的天赋才能将我们从这片神秘的土地中解救出来。”
  埃及医院里的药品奇缺，更不用说军队日益增加的口粮和服装的需求了，欠当地富商的账单愈来愈长。绝望的克莱贝尔只得自作主张，从拿破仑拨给的用于海军军舰维修费中提取了10万法郎。一周后，克莱贝尔告知拿破仑：“将军公民，如果你对我试图向你说明的我们这里的形势是如何紧急继续不予理睬，那么，我对你命令的违抗将无疑使你感到不快。”此外，他还指出，海军少将冈托姆管理不善的陆上水兵现在已经完全失去了控制，在亚历山大大肆掠夺，使埃及人民备感恐怖；幸运的是，其中数百人已经整编成一支称为“航海军团”的步兵队伍。最关键的是，部队至今没有得到日常需要的面包，工程指挥官卡弗雷里的亚历山大防御计划也不令人满意。没有一个得力助手可以为他分忧，不断受到头部创伤折磨的克莱贝尔，已经感到力不从心。最后，于9月3日，他给拿破仑写信道：“我明白我的行动不符合你的命令。因此，我请求你允许我回到我的师团担任指挥官。”
  这一切对于拿破仑来说是太沉重了，他要面对整个埃及的问题。在他给克莱贝尔的答复中，他抱怨亚历山大的治理所花费的钱财比所有其他师团加起来还多一倍。这当然是完全没有道理的指责，而且是在暗示：克莱贝尔是整个法军中最无能的人。他命令克莱贝尔：“将私自挪用的10万法郎立即归还海军，从此不得违抗我的分配。”接到这份谴责后，克莱贝尔反驳道：“我希望为还我清白，您让主计官将这个地方所发生的费用收据呈上供您研究，我不相信您会不赞成其中任何一项开支。”他最后说：“我必须坚持您让我立即回到我的师团。”在受到财务无能的又一次指控之后，骄傲的克莱贝尔愤怒地反击道：“当您在写这封信的时候，将军公民，您忘了在您的手上拿着的是历史记录，您也忘了您是在对克莱贝尔讲话……为此，我恭候您的回音，等待你的命令，这命令应该是不仅解除我在这里的职务，而且解除我在阁下军中的成员资格，直到阁下您对事实有更加清楚的了解为止。”在得到拿破仑不置可否的答复之后，克莱贝尔未经许可便将亚历山大的指挥权交给了他无能的副官芒斯科，接着便做出了令拿破仑震惊的请求（他现在才知道自己做得太过分了）：“今天，我的健康状况和我伤口的情况使我无法继续为您光辉的事业和这里的战役效劳，因此，我拜托卡弗雷里将军前来从您这里得到恩准，让我返回法国。”克莱贝尔的辞职要求最后被远征军司令拒绝，拿破仑并对他做出了从未向任何人做过的道歉：“我诚挚地希望你尽快恢复健康并珍视我对你的友谊。恐怕我们两个人之间有一些误会……我对你起码的尊敬和你偶尔对我表示的尊敬是一样的。”结束时，拿破仑表示希望几天内在开罗见到克莱贝尔。和往常一样，拿破仑的语言是可以做广义解释的。
  第九章　失败的阴影（6）
  虽然这两个骄傲的将军之间的意见不和得到了部分的解决，忠实可靠的克莱贝尔确实收回了他离开远征军的要求，但他们之间的个人关系和职业关系都不同以往了——正如拿破仑所说的，他们再也无法驱散“他们之间的相互嫌弃了”。克莱贝尔对拿破仑一直持有的不可动摇的信任被彻底击碎了。次年，拿破仑放弃埃及战役回国时对此进行了报复，他指定克莱贝尔为自己的接任者，但却没有事先通知他自己将要离开埃及的消息。拿破仑可能尊敬过一些敢于和他对抗的人，但是作为一个真正的科西嘉人，他是既不饶恕也不忘怀的。至于敢顶撞拿破仑的克莱贝尔，最后为自己的行为付出了极大的代价。
  第十章　蒂沃利花园和其他（1）
  拿破仑将军的举动在伊斯兰教会内部引起了惊恐。拿破仑准备召集埃及16个省份的所有头目召开第一次全国大会，目的是对埃及的民事和刑事法律体系进行改革，　并对全国的财产进行重新登记以利于执行新的征收税费的体系。当人们听说自17　世纪埃及信奉伊斯兰教以来第一次要对清真寺、宗教设施和伊斯兰兄弟会征收税费时，惊慌很快就转化成了埃及首都各个地区的公开不满。
  埃及人毫不掩饰他们的愤怒和敌意。在10月16日发布了取消传统的神圣宗教财产税收豁免制度之后，谣言变得越来越险恶。为了使新建的、有加农炮和臼炮的法国要塞炮台对阿拉伯区域能够有更清楚的视野，法国军队按照拿破仑的命令将城堡周围的建筑包括两座清真寺夷为平地，这更激怒了当地的教徒。拿破仑对待埃及的穆斯林和他当年对待意大利的天主教徒一样，　他毫无顾忌地毁坏并亵渎了他们崇拜的宗教寺院，并希望阿拉伯人对他们的行动能够表示默许。这使他铸成了大错。
  当地酋长和古兰经学者诵读奥斯曼土耳其皇帝在君士坦丁堡制定的法令对拿破仑的行为表示抗议，并宣布要发动一场讨伐异教徒的圣战。宗教领袖号召“将奥斯曼帝国所有省份的军队组织起来”，“在先知的有力保护下”，“消灭”这些野蛮人，并“愿真主保佑让他们全部毁灭”。拿破仑，作为法兰西共和国意见的主要发言人，显然没有将这些威胁看在眼里。他控制着首都惟一的一支军队，　这些没有武装、未经任何训练的乌合之众能够掀起多大的风浪呢？显然，拿破仑已经将他亲自参与过的法国大革命的喋血岁月忘得一干二净了。
  10月21日黎明时分，开罗城各个阿拉伯区的群众开始聚集，高喊：“他是暴君！愿真主赋予虔信者胜利！”并袭击了与法国人合作的穆斯林官员的宅第。8点，开罗卫戍司令迪皮带领着一队骑兵外出查访时遭到群众袭击，当场死于长矛之下，　他的随员也尽死于非命。在狭窄弯曲的街道上，至少有1；000多“手持棍棒和步枪的土耳其人”开始横冲直撞地大肆抢掠和袭击遇到的所有法国人——大起义开始了。
  此时拿破仑在卡弗雷里和多马丁的陪同下正在旧城和鲁达岛上巡查新的炮台和火药库，直到10点才接到通知。得知城里的骚乱不是一个孤立的事件，而且迪皮已经遭到了杀害，拿破仑立即丢下了一切事务，返回开罗，根据德托耶少校的叙述，当他们行至布拉克城门时，“迎接我们的是冰雹般的石块”。“城里处处可以听到枪声，在我们前进的路上死尸越来越多。”后来，他们总算到达艾兹拜基耶广场，安全地回到有15门大炮保护的拿破仑总部。
  不远处的卡弗雷里指挥部，同时也是工兵的仓库并储藏有远征军的科学仪器。暴动的群众冲进去，抢掠一空，守卫的官兵被杀害。　虽然埃及人的寺院和厄尔费宫也遭到袭击，但激战的中心是在阿扎清真寺周围，那里有5；000多名武装的穆斯林将寺院当做要塞使用。拿破仑立即向位于高地俯视开罗最大的清真寺的城堡增派了炮兵和大炮。清真寺庭院由巨大的高墙保护着，由于法国军队的懒散和纪律涣散，花了好几个小时才将一切准备就绪。这当然是一个伟大的决定：拿破仑第一次下令对阿扎清真寺进行炮击，这将结束穆斯林和法国人之间的一切善意来往。
  次日，剧烈的战斗在持续。期间，拿破仑最得力的副官絮尔柯斯基上校所护送的33名来自贝尔贝伊斯医院的伤兵遭到袭击和杀戮，　整个纵队被杀得一个不留。现在清真寺周围的弯曲街道全都设置了路障，法国人发现“骑兵甚至步兵都无法进入”。但是由于一些不清楚的原因，对清真寺的炮击直到当天中午才开始，　从那时起，炮声一直延续到夜幕降临。根据阿拉伯历史学家阿拉曼的记述，大炮的轰鸣将居住在清真寺周围的埃及人吓得要死，成千上万守在路障上的阿拉伯人被炮火击毙。“炮弹犹如雨点一样从天而降，”他记述道，“炮声震耳欲聋，房屋的地基被震得跳动起来。”经过数小时的炮击，法国人终于成功地冲进了清真寺的高墙大院。骑兵挥舞着马刀冲进来，接着是步兵，他们毁灭所见到的一切，包括书籍、灯、古兰经和宗教的供奉物品，这一切都和拼死抵抗者一道被打翻在地，遭到践踏。正如阿拉曼所记述的，整晚和次日一整天，法国军队“像魔鬼一般在街上乱跑”，而怒气未消的拿破仑命令邦将军（他接替不幸的迪皮将军成了开罗城的卫戍司令）“将大清真寺夷为平地”。接着便开始了对暴动的清理工作和公共关系恢复工作。有罪的人被严厉处罚，但正如邦将军所说的那样，拿破仑“要显示他是个既恐怖又仁慈的人”。贝尔蒂埃指示迪盖，“我希望你能注意，将军公民，这个国家里的一些聚众闹事的头目应该为这次起义负责”，“我们对这些渣滓要毫不留情的镇压”以便“恢复开罗的秩序”。事实上，拿破仑有意放任他的军队采取报复行动，大肆屠杀平民，包括妇女和儿童——受到惊吓拼命逃跑的孕妇甚至将婴儿生在了大街上。到了下午4点，法军来到达艾兹拜基耶广场，随之而来的