一八四四年一月，达尔文在致虎克的信中写道：“……自从我回来以后（从环球旅行回来以后），我就忙于一种非常自恃但（没有一个人不这样说）很愚蠢的工作。加拉帕戈斯群岛上的生物的分布以及其他东西使我感到非常惊讶，于是我决定胡乱搜集一些对什么是物种这一问题哪怕有一点关系的事实。我已阅读了大批农艺和园艺方面的书，并且不断地搜集事实。最后终于闪现出微光，而且我几乎已相信了（同我开始研究时的意见完全相反）物种（这全象承认谋杀罪）不是不变的。愿上天保佑我不去相信拉马克的进步的倾向，由动物迟缓起作用的意愿所引起的适应等等的荒谬说法吧。可是我所得到的结论却和他的结论相差无几，虽然变化的原因是迥然不同的。我想，我已找到了（这里也是自恃！）物种借以对于不同目的能作完美适应的那个简单途径。您现在就会唉声叹气并且会这样思忖，我怎么把时间浪费到这样一个人身上并且写了一些信给他！”。
  我们先简单地谈谈他当时埋头写的《一八四四年概要》，然后再谈谈虎克以及他同达尔文后来接近的情况。
  《一八四四年概要》大大增加了阐述自然选择的那一章的篇幅。达尔文在这里指出，虽然遗传性广泛地传开了，但是它的问题是复杂的；并不是生物在一生中所获得的一切都能遗传下来。例如，由于疾病影响而造成的残废和结构上的突然变化是不会遗传的。有一些类型，遗传倾向在加剧（垂紫杉），另一些类型在减弱（垂柳）。他接着指出了由人类选择种畜的重要性和隔离的意义，即防上同不良的个体和品种进行交配的作用。他还指出了采用选择的实际操作者在工作中的困难和细微之处，指出了在很多代期间进行育种的必要性。他比《一八四二年概要》更为详细地指出了对各种动物进行有步骤的选择的成绩。他强调指出，人不会创造出各种变化，只会把“自然界恩赐的礼品”合并和联合在一起。除了达尔文生活的那个时代（由于当时工厂生产需要大批经过改善的原料）所特有的系统选择以外，他还详细地叙述了人类在成千上万年间进行的“不自觉的选择”。他在这方面引证了对野蛮人部族的观察，包括对火地岛人的观察，他利用了圣经里的一些传说，老普里尼的著作，英国古代史和十六、十七世纪近代史的资料。在《概要》中，他把对“物种起源”起的某种作用也归之于杂交过程的本身。
  有趣的是，他在了解大量实用文献以后，能够很准确地把当时实践家所共知的两个外形截然不同的种族或品种在第一代和以后各代杂交的结果总结为一定的公式：“如果使两个外形截然不同的种族彼此进行杂交，那么其后代的第一代多少有点象双亲中的某一个，或者完全具有介乎二者之间的外貌，或者有时在某种程度上具有新的性状。第二代和以后几代，在一些个体同另一些个体相比较时，其外形往往发生急剧的变化，其中很多代几乎又回到它们的始祖的形态”。
  令人惊讶的是，这一句话如何准确地总结出经过五十多年后才由遗传学建立起来的那些规律性。遗传学是从许多有系统地进行的实验中发展起来的，而孟德尔便是进行这些实验的鼻祖。
  我们不谈《一八四四年概要》同《一八四二年概要》的其他不同之处，我们只指出，除了关于“自然选择”这一节外，专门叙述动物地理学的那一章在《一八四四年概要》中得到了特别的发挥。它的篇幅之大同一八四三年的相比增加了十倍，它全部是重写的。这章分为三个基本部分：生物的现今分布情况，生物在过去的分布情况（古生物形态的分布情况）和列举出来的地理分布事实同他的理论相一致的程度。把整个陆地分成两个，三个和四个动物地理区是相当出色的，达尔文在这个《概要》中是根据哺乳动物的现今分布情况进行这种划分的。“如果把整个陆地分成两个区，那么澳大利亚同新几内亚组成一个区，其它地方就组成另一个区；如果把陆地分成三个区，那就是澳在利亚区，南美洲区和其他地区。如果分成四个区，这就是澳大利亚同新几内亚区、南美洲区、马达加斯加区以及一切其他地区”。人们不禁产生这样一种想法：如果他的朋友赫胥黎在很晚以后提出把整个陆地分成三个动物地理区——大南陆区、新热带区和北界区，那么他在这里就是用新的形式重复属于达尔文的想法。如果需要把世界分成四个区的话，那么把有着典型的始新世动物区系的马达加斯加划分进去，这在逻辑上也完全成立。
  达尔文正是在《一八四四年概要》中说出了与众不同的思想，这就是冰川时期对于说明各个不同山峰上的高山植物区系断断续续的分布情况，对于说明它们同北极植物区系有相似之处，具有很大的意义。这一想法如上面我们所指出的那样，后来才第一次出现在刊物上，它与达尔文无关，是由伊·福勃斯公之于世的。
  所有这些例子表明，《一八四四年概要》的作者具有远见卓识和高度的洞察力。《概要》中最令人感到惊奇的是，达尔文总的特点是把他对待科学的审慎态度，同他的勇往直前、敢攀高峰、丰富而又严谨的科学想象力结合在一起。达尔文向虎克承认的那种“非常自恃的”工作本身就是这样，而共同的工作使他俩更加接近。
  达尔文把在加拉帕戈斯群岛上搜集的植物交给虎克后，告诉他关于独立的岛上一些鸟种和海贝的情况，同时还告诉他这些鸟种和海贝同美洲大陆的这些鸟种和海贝有相似之处，请他特别注意这些事实并加以研究，对加拉帕戈斯群岛的植物物种是否也可以作出这样的结论。他接着向虎克指出了同研究各群岛的动物区系有关系的各个作者，并请虎克注意，关于植物，是否可以认为在世界各地极为普遍的物种数目已经很多了。达尔文对所有这些问题都已经深思熟虑过。
  可见，年轻的虎克受他的青年朋友的影响，在学术上迈出了最初几步，因为他的这位朋友要把他“培养”成为一个学者。这种影响由于虎克同达尔文的私人会见（起初在伦敦伊拉司马斯·达尔文的住所，后来又在唐恩，约·虎克曾同其他博物学家一起被邀请到这里来）而更加增强。虎克在回忆这段时间时说：“在他的健康状况有了短暂的好转后（接着就是长时间的患病时期，这些时期经常使他的生活变成负担），也就是在一八四四年和一八四七年间，我收到很多令人非常高兴的邀请。不能想象有哪一家比这一家更好客和在各方面更招人喜欢的了。常来聚会的人中，有医生法更纳、伊·福勃斯、贝尔教授和华德豪斯先生；当时一起长时间地散步，逗抱着的或坐在膝上的孩子们玩，听音乐，这音乐如今仍在我耳边回响。我不能忘记达尔文本人的诚挚态度，他爽朗的笑声，他家庭生活的快乐，跟他一起围绕着他的庄园到处看看，在他工作室内漫无边际的个别谈话，对生物和物理知识领域各分科存在的问题的讨论，我们已经着手研究这些问题，而且在研究这些问题后，我至少感到，我丝毫没有什么贡献，可我得到的比我所能容纳下的要多得多……”
  在达尔文的健康状况恶化后，虎克是唯一的在唐恩一呆就是几天，而有时一呆就是几个星期的客人。他善于使达尔文感到毫无拘束。虎克经常带着自己的著作来，并独立地从事研究。吃完早饭，达尔文把他请到自己的工作室里，和他呆上半个小时，从他那里“吸收”一些有关植物学和植物地理学方面的问题的资料，这些问题都是达尔文在钻研“物种”时积累和记录下来的，目的是征求一下虎克这个专家的意见。他还把自己的工作进程告诉虎克。然后他们就分手，直到每天沿着沙径散步的那个时间再见面；这种散步是达尔文站在虎克住的房间的窗户下专门邀请他去的。他们向前穿过花园，在那里看一看达尔文进行的某项试验的情况，以后又走上沙径，沿着沙径走完规定的圈数。他们在这里回忆各自航行中的经历，谈起老朋友们，交谈那些把他们的想象力带到远方的书籍和事物。
  如果达尔文感觉身体很好，那么在散步后，他就同全家共进午餐；有时他索性坐在餐室里，同家人谈天或听音乐。
  正如达尔文在给他剑桥大学的老同学赫伯特的信中所说，在唐恩过的生活真象“钟表的机器”，信中他邀请赫伯特偕同夫人到唐恩来做客，并听一听贝多芬的音乐。
  我们不要忘记，在青年时期，达尔文和赫伯特曾迷恋于音乐，并且属于一个音乐小组，而埃玛是一个顶好的女音乐家。达尔文曾说过，他起初不愿意变成一只“肯特猪”，他打算每个月访问伦敦一、二次，以便出席一些学术协会会议或者同朋友们见见面。但是，由于这些旅行而引起的激动不安和健康的恶化，迫使他越来越少地进行这种旅行，他妻子在唐恩安排的舒适和安逸生活，也促使他不愿去旅行，宁愿邀请亲属和朋友到唐恩来做客。
  当然，某些拜访，特别是不很认识的人的来访，使他很不安和紧张，以致他不能从事工作。但是，如果客人们来的时间比较长，他就比较平静。这就很少改变他的正常日程，他就能在一定的时间内会见客人。这个制度使他能完成自己真正的科学巨著，特别还要注意的是，他每天用在这项工作上的时间不能多于三个小时。除了虎克以外，当时最常去的客人当中还有赖尔和汉斯罗。访问唐恩的亲戚中有韦季武德一家和查理的姐妹——凯瑟琳和苏桑娜。甚至对农村和自然界没有好感的哥哥伊拉司马斯，有一回在他这里也做客两个月。查理的父亲此时已年近八旬，一次也没有到过唐恩，他只是在伦敦或施鲁斯伯里同查理见面，可儿子查理很少到那里去看他。舅父乔斯已在一八四九年去世，而他的妻子——查理的舅母伊丽莎白精神已严重失常。她由一个女儿来供养，而对查·达尔文和他的妻子有着最美好回忆的梅尔，在他们的生活中再也不会起什么作用了。
  继《‘贝格尔’号地质学》第二卷之后，达尔文着手写第三卷。该卷的头两章——《关于南美洲东岸的上升》和《关于南美洲西岸的上升》——写得特别出色。在这里，对南美大陆海洋地质的详细研究合成一个逻辑性严密的整体。达尔文从东岸陆地在最新纪首先在上升度较小的内格罗河边上升的证据谈起，继而向南，从南纬33°40′到53°21′（即在一千多地理里的距离上）不断增高。沿着大陆的整个海岸，在几英尺到四百一十英尺的高度上，达尔文找到了现在仍然生活在邻海的软体动物的外壳。十分有趣的是，这些外壳分散在同一高度上走向很远的平地和阶地上。但是，在有现代软体动物生存的整个期间，陆地上升时期大概是相当长的，因为达尔文在布兰卡港和圣胡立安海湾找到的与这些软体动物同时生存的哺乳动物化石属于绝灭的物种。
  “贝格尔”号考察队对围绕在圣克鲁斯河上游河谷周围的阶地所作的一些断面剖析研究，表明阶地或者平地曾存在于大陆的深处。这证明了大陆的普遍上升占有很大的空间，并且在海岸受到经常的剥蚀，海深入陆地时，这种上升时常被长期的静止状态所中断。阶地的迹象和阶地的峭壁，和现代海岸的峭壁有着同样的性质。
  关于静止期间海岸的上升是不是突然的，灾变的，或者是缓慢的、逐渐的问题，被达尔文出色地解决了，这对第二种假设有利。他对沿着圣克鲁斯河入海处及在此以南到福克兰群岛的海岸的各种深度和海底的研究清楚地表明，海底的卵石随着深度和离海岸距离的增加，在数量上迅速而有规律地在减少。如果上升是突然的，我们就会看到斜坡上出现砾石的情景；但是，在那里没有发现卵石的数量有任何减少。这是同陆地逐渐地，不大明显地上升的理论比较一致的。
  这样，达尔文就驳斥了著名的灾变论者道比尼所竭力证明的美洲各海岸是突然上升的观点。达尔文在《关于东海岸的上升》这一章中写道：“假如道比尼曾知道在乌拉圭附近低海岸上存在着含有无数蛤蜊和帘蛤贝壳的两列相互平行的沙丘地带，假如他在布兰卡港看到过有带有被滚磨得很光滑的浮岩卵石（这种卵石一个挨一个排列成许多平行的行列，其高度至少有一百二十英尺）的巨大沙丘；假如他在该地堡垒附近的低平地上看到含有无数沙丘和在六十英尺高的硝壁边缘上的这条长线；假如他穿过八海