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  到后来，马援征讨武陵蛮人，大军到达下隽。有两条道路可入蛮界：一从壶头，这条路近而水势深险；一从充县，这条路是坦途，但运输线太长。耿舒主张走充县，马援却认为那样会消耗时日和军粮，不如进军壶头，扼住蛮人咽喉，则充县之敌将不攻自破。两种意见上报朝廷，光武帝批准了马援的战略。于是汉军进兵壶头。蛮贼登高，把守险要，水流湍急，汉军舰船不能上行。适逢酷暑，很多士兵患瘟疫而死，马援也被传染，于是在河岸凿窟栖身以避暑热。每当蛮贼爬到高处擂鼓呐喊，马援便蹒跚跛行着察看敌情，左右随从无不为他的壮志所感而哀痛流泪。耿舒在给他哥哥好侯耿的信中写道：“当初我曾上书建议先打充县，尽管粮草运输困难，但兵马前进无阻，大军数万，人人奋勇争先。而如今竟在壶头滞留，官兵忧愁抑郁，行将病死，实在令人痛惜！前在临乡，敌兵无故自来，如果乘夜出击，就可以将他们全歼。但马援就像个作生意的西域商人，所到之处，处处停留，这就是　失利的原因。现在果然遇到了瘟疫，完全同我预言的一样。”耿收到信后上奏朝廷，于是光武帝派梁松乘驿车前去责问马援，并就此代理监军事务。
  会援卒，松因是构陷援。帝大怒，追收援新息侯印绶。初，援在交趾，常饵薏苡实，能轻身，胜障气，军还，载之一车。及卒后，有上书谮之者，以为前所载还皆明珠文犀。帝益怒。
  正当此时，马援去世，梁松乘机陷害马援。光武帝大怒，下令收回马援的新息侯印信。当初，马援在交趾时经常服食薏苡仁，因为此物可使身体轻健，抵御瘴气。班师时，曾载回了一车。等到马援死后，却有人上书诬告他当初用车载的全是上好的珍珠和犀角。于是光武帝益发愤怒。
  援妻孥惶惧，不敢以丧还旧茔，稿葬域西，宾客故人，莫敢吊会。严与援妻子草索相连，诣阙请罪。帝乃出松书以示之，方知所坐，上书诉冤，前后六上，辞甚哀切。
  马援的妻子儿女又慌又怕，不敢将马援的棺柩运回祖坟，便草草葬在城西。他门下的宾客旧友，没有人来祭吊。马严和马援的妻子把自己用草绳捆绑起来，连在一起，到皇宫门口请罪。于是光武帝拿出梁松的奏书给他们看，他们方才得知马援的罪名，便上书鸣冤，前后共六次，情辞十分哀伤悲切。
  前云阳令扶风朱勃，指阙上书曰：“窃见故伏波将军马援，拔自西州，钦慕圣义，间关险难，触冒万死，经营陇、冀，谋如涌泉，势如转规，兵动有功，师进辄克。诛锄先零，飞矢贯胫；出征交趾，与妻子生诀。间复南讨，立陷临乡，师已有业，未竟而死；吏士虽疫，援不独存。夫战或以久而立功，或以速而致败，深入未必为得，不进未必为非，人情岂乐久屯绝地不生归哉！惟援得事朝廷二十二年，北出塞漠，南渡江海，触冒害气，僵死军事，名灭爵绝，国土不传，海内不知其过，众庶未闻其毁，家属杜门，葬不归墓，怨隙并兴，宗亲怖栗，死者不能自列，生者莫为之讼，臣窃伤之！夫明主于用赏，约于用刑，高祖尝与陈平金四万斤以间楚军，不问出入所为，岂复疑以钱谷间哉！愿下公卿，平援功罪，宜绝宜续，以厌海内之望。”帝意稍解。
  前任云阳县令、扶风人朱勃前往皇宫门阙上书说：“我看见已故的伏波将军马援，从西州崛起，钦敬仰慕皇上圣明仁义，历经艰险，万死一生，在陇、冀两地征战。他的智谋如泉水一样喷涌不绝，行动如转动圆规一样灵活迅速。他用兵战无不胜，出师攻无不克。剿伐先零时，飞箭曾射穿他的小腿；出征交趾时，以为此行必死，曾与妻儿诀别。过了不久又再度南征，很快攻陷临乡，大军已经建立功业，但未完成而马援先死。军官士兵虽然遭受瘟疫，而马援也没有独自生还。战争有以持久而取胜的，也有因速战而败亡的；深入敌境未必就正确，不深入也未必为不对。论人之常情，难道有乐意久驻危险之地不生还的吗？马援得以为朝廷效力二十二年，在北方出塞到大漠，在南方渡江漂海。他触冒瘟疫，死在军中，名声被毁，失去爵位，封国失传。天下不知他所犯的过错，百姓不知对他的指控。他的家属紧闭门户，遗体不能归葬祖坟。对马援的怨恨和嫌隙一时并起，马氏家族震恐战栗。已死的人，不能自己剖白；活着的人，不能为他分辩，我为此感到痛心！圣明的君王重于奖赏，轻于刑罚。高祖曾经交给陈平四万斤金用以离间楚军，并不问账目与用途，又岂能疑心那些钱谷的开销呢？请将马援一案交付公卿议论，评判他的功罪，决定是否恢复爵位，以满足天下人的愿望。”光武帝之怒稍有消解。
  初，勃年十二，能诵《诗》、《书》，常候援兄况，辞言娴雅，援裁知书，见之自失。况知基意，乃自酌酒慰援曰：“朱勃小器速成，智尽此耳，卒当从汝禀学，勿畏也。”勃未二十，右扶风请试守渭城宰。及援为将军封侯，而勃位不过县令。援后虽贵，常待以旧恩而卑侮之，勃愈身　自亲。及援遇谗，唯勃能终焉。
  起初，朱勃十二岁时就能背诵《诗经》、《书经》，经常拜望马援之兄马况，言辞温文尔雅。当时马援才开始读书，看到朱勃，他自况不如，若有所失。马况觉出了马援的心情，就亲自斟酒安慰他说：“朱勃是小器，早成，聪明才智尽此而已，他最终将从学于你，不要怕他。”朱勃还不到十二岁，右扶风便试用他代理渭城县宰。而等到马援做了将军并封侯的时候，朱勃的官位还不过是个县令。马援后来虽然身居显贵，仍然常常以旧恩照顾朱勃，但又卑视和怠慢他，而朱勃本人的态度却愈发亲近。及至马援受到诬陷。唯有朱勃能够最终保持忠诚不渝。
  谒者南阳宗均监援军，援既卒，军士疫死者太半，蛮亦饥困。均乃与诸将议曰：“今道远士病，不可以战，欲权承制降之，何如？”诸将皆伏地莫敢应。均曰：“夫忠臣出竟，有可以安国家，专之可也。”乃矫制调伏波司马吕种守沅陵长，命种奉诏书入虏营，告以恩信，因勒兵随其后。蛮夷震怖，冬十月，共斩其大帅而降。于是均入贼营，散其众，遣归本郡，为置长吏而还，群蛮遂平。均未至，先自劾矫制之罪；上嘉其功，迎，赐以金帛，令过家上冢。
  谒者、南阳人宗均任马援大军的监军。马援去世后，官兵因瘟疫而死的已超过半数，蛮军也饥困交迫。于是宗均同将领们商议道：“我们如今道路遥远，官兵染疾，不可以再作战了，我打算权且代表皇上发布命令招降敌人，怎么样？”将领们全都伏在地上不敢应声。宗均说：“忠臣远在境外，若有保护国家安全之策，可以专断专行。”于是假传诏旨，调伏波司马吕种代理沅陵县长，命他带着诏书进入敌营，宣告朝廷的恩德和信义，而自己率军尾随其后。蛮人十分震恐，冬季十月，他们一道杀死首领投降。于是宗均进入蛮贼大营，遣散兵众，命他们各回本郡，又委任了地方官吏，然后班师。蛮人之乱于是平定。宗均还没到京成，先自我弹劾假传诏旨之罪。光武帝嘉奖他的功绩，派人出迎，赏赐金帛，命他经过家乡时祭扫祖坟。
  ＇5＇是岁，辽西乌桓大人郝旦等率众内属，诏封乌桓渠帅为侯、王、君长者八十一人，使居塞内，布于缘边诸郡，令招来种人，给其衣食，遂为汉侦候，助击匈奴、鲜卑，时司徒掾班彪上言：“乌桓天性轻黠，好为寇贼，若久放纵而无总领者，必复掠居人，但委主降掾吏，恐非所能制。臣愚以为宜复置乌桓校尉，诚有益于附集，省国家之边虑。”帝从之，于是始复置校尉于上谷宁城，开营府，并领鲜卑赏赐、质子，岁时互市焉。
  ＇5＇同年，辽西郡乌桓部落大人郝旦等率领部众归附汉朝。光武帝下诏将乌桓各级首领封为侯、王、君长，共计八十一人，让他们移居塞内，分布在沿边各郡。并命令他们招徕本族之人，由官府供给衣服饭食。于是这些人便成为汉朝边疆的警哨，协助击讨匈奴和鲜卑。其时，司徒掾班彪上书道：“乌桓人天性轻薄狡黠，喜做强盗，如果长久放纵而无人统领，必将再度劫掠汉朝居民。只委派主持受降的低级官吏，恐怕不能控制他们。我认为应当再度设置护乌桓校尉，这必将有益于招抚外族，减少国家的边疆忧患。”光武帝听从了他的建议，于是在上谷宁城重新设置护乌桓校尉，建立大营和官府，负责对鲜卑的赏赐、接送人质和每年四季的双边贸易等事务。
  二十六年（庚戌、50）
  二十六年（庚戌，公元50年）
  ＇1＇正月，诏增百官奉，其千石已上，减于西京旧制，六百石已下，增于旧秩。
  ＇1＇正月，光武帝下诏，增加百官的俸禄。千石以上的官吏，低于西汉旧制；六百石以下的官吏，高于西汉旧制。
  ＇2＇初作寿陵。帝曰：“古者帝王之葬，皆陶人、瓦器、木车、茅马，使后世之人不知其处。太宗识终始之义，景帝能述遵孝道，遭天下反覆，而霸陵独完受其福，岂不美哉！今所制地不过二三顷，无山陵陂池，裁令流水而已。使迭兴之后，与丘陇同体。”
  ＇2＇开始兴建皇陵。光武帝说：“古代帝王的随葬之物，全都是陶人、瓦器、木制之车、茅编之马，使后世的人不知道陵墓所在。文帝明了生死的真义，景帝能够遵从孝道，所以经历了天下大乱的变故之后，霸陵唯独有幸保全，这岂不是美事吗！现在设计的陵墓，占地不过二三顷，不起山陵，不修池，只令不积水而已。使陵墓在改朝换代之后，能与丘陇泥土成为一体。”
  ＇3＇诏遣中郎将段彬、副校尉王郁使南匈奴，立其庭，去五原西部塞八十里。使者令单于伏拜受诏，单于顾望有顷，乃伏称臣。拜讫，令译晓使者曰：“单于新立，诚惭于左右，愿使者众中无相屈折也。”诏听南单于入居云中，始置使匈奴中郎将，将兵卫护之。
  ＇3＇光武帝下诏，派中郎将段彬、副校尉王郁出使南匈奴，为南匈奴建立王庭，距五原西部塞八十里。汉朝使者命令单于伏地跪拜，接受诏书。单于犹豫片刻，于是伏地，自称臣属。跪拜完毕后，他命翻译告诉汉朝使者说：“单于新近即位，在左右群臣面前跪拜实在羞惭，希望使者不要在大庭广众中使单于屈节。”光武帝下诏，听任南单于进入云中郡居住。汉朝自此设置使匈奴中郎将，领军护卫。
  ＇4＇夏，南单于所获北虏左贤王将其众及南部五骨都侯。合三万余人畔归，去北庭三百余里，自立为单于。月余，日更相攻击，五骨都侯皆死，左贤王自杀，诸骨都侯子各拥兵自守。
  ＇4＇夏季，南单于所俘虏的北匈奴左贤王带领旧部及南匈奴的五位骨都侯，共计三万多人，叛变北逃，在距北匈奴王庭三百余里处，自立为单于。一个多月以后，发生了内讧，每天互相攻击，五位骨都侯全部死去，左贤王自杀，五位骨都侯的儿子们各自拥兵独立。
  ＇5＇秋，南单于遣子入侍。诏赐单于冠带、玺绶、车马、金帛、甲兵、什器。又转河东米二万五千斛，牛羊三万六千头以赡给之。令中郎将将弛刑五十人，随单于所处，参辞讼，察动静。单于岁尽辄遣奉奏，送侍子入朝，汉遣谒者送前侍子还单于庭，赐单于及阏氏、左·右贤王以下缯彩合万匹，岁以为常。于是云中、五原、朔方、北地、定襄、雁门、上谷、代八郡民归于本土。遣谒者分将弛刑，补治城郭，发遣边民在中国者布还诸县，皆赐以装钱，转给粮食。时城郭丘墟，扫地更为，上乃悔前徙之。
  ＇5＇秋季，南单于派遣儿子到汉朝做人质。光武帝下诏，赐给南单于官帽、腰带、印玺、车马、金帛、武器及日用什物。又从河东郡调粮二万五千斛、牛羊三万六千头供给南匈奴。命令中郎将率领免刑囚徒五十人，跟随南单于，参与处理诉讼案件，并伺察动静。到了年底，南单于便派使者呈送奏书，护送做新人质的王子到汉朝。汉朝则派谒者将上一次充当人质的王子送回单于王庭，赐给单于和王后、左右贤王及以下官员彩色丝绸一万匹，每年如此，成为常例。于是，云中、五原、朔方、北地、定襄、雁门、上谷、代等八郡的流亡居民回到本土。汉朝派出谒者，分别带领免刑囚徒修补整治城墙。并遣送内迁中原的边疆居民回到各县，对返归的人全都赐给治装费，调粮供应。此时沿边城郭已成废墟，需要清除瓦砾，重新建设，于是光武帝对先前的徙民之举感到后悔。